NTFS文件系统缺点：NTFS虽然有诸多优点，但这些都是针对传统机械硬盘而设计的，对于新兴的Flash 闪存材料不一定适用 。NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个 文件或目录，在NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏，而且400MB以下的分区也比FAT16更浪费 空间 。
四、exFAT文件系统
exFAT是近年才出现的格式，主要针对移动存储设备，什么闪存、U盘等 。因为FAT32格式单个文件不能超过4G，使用NTFS格式又容易损坏闪存芯片，所以才开发EXFAT格式来解决这些问题 。
exFAT文件系统优点：分区大小和单文件大小最大可达16EB（16×1024×1024TB）；簇大小非 常灵活，最小0.5KB，最高达32MB；采用了剩余空间分配表，空间利用率更高；同一目录下最大文件数可达65536个；支持访问控制；支持 TFAT(WINCE早期文件系统) 。可以看出，ExFAT就是闪存专用的文件系统，只有U盘和存储卡才能格式化成exFAT，传统硬盘是无法格式化成 exFAT格式的，因为exFAT的特性其实并不比NTFS强，但却比NTFS及FAT32更适合闪存使用 。
exFAT文件系统缺点：exFAT作为一种全新的文件系统，在电脑上的兼容性却不太好，目前主流的XP和Vista默认都不支持ExFAT，XP需升级至SP3补丁、Vista需升级至SP1补丁才能支持它 。当然微软也提供了exFAT的单独更新文件，Win7默认支持 。
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