5岁时，萧亚轩的父母离异，她从小由妈妈一手拉扯长大 。她有一个弟弟，叫萧圣谚。2007年11月，因为家中要装修，搬到另一处跟妈妈共住。2010年1月1日，妈妈叶秀玲因血小板无法凝血，内出血过世。而在母亲生病期间，萧亚轩到宜兰三清宫三跪九叩800公尺，愿以自己10年寿命换来母亲健康 。
2018年12月12日，在社交网站上传了一张照片，她拍下一位蒋姓朋友送给她的圣诞卡，并留言自我鼓励：“the storm will stop because we are all in this together（风暴会停止，因为我们都在一起） 。
2019年4月11日，萧亚轩在自己的社交账号上分享了一张自拍照，并配文：“Miss me ？？ I miss ME（想我吗？我也想我自己）”；8月7日，在社交账号上发文：“Good morning！Remember I love You All 。（早安！记得我爱你们）”，并发出自己的照片，其后，歌手李玟亦留言：“We are all behind u...love u Elva（我们都在你后面支持你，爱你呀！）”；8月23日，在生日的前一天发布长文 。她晒出一张自己的童年照片，感谢母亲的养育，也把祝福送给所有人。
恋情
2004年，萧亚轩与王阳明恋爱。2006年，萧亚轩与王阳明分手 。
2008年5月，萧亚轩与李安卓恋爱 。2009年，萧亚轩与李安卓分手。
2012年4月，萧亚轩和柯震东两人牵手漫步在台湾矮树走道，两人恋情被曝光 。9月10日，萧亚轩与男演员柯震东正式公布恋情 。2013年8月12日，萧亚轩明确表示恋情稳定 。
2014年4月30日，柯震东亲友间传出二人分手消息，但是双方的经理人都同样不置可否地以“不回应”来回避问题，令分手消息更加疑幻疑真；7月，萧亚轩承认了恋情Elroy，与柯震东恋情正式告终 。2016年1月24日，萧亚轩经理人公司承认萧亚轩与Elroy结束恋情 。
2017年4月8日，在IG以54字谈这段感情，写下“我会好好的”，为这段7个月的恋情画下句点 。萧亚轩与小13岁的高尔夫球选手Michael
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