在临床上，由于藿香正气水具有解表化湿、理气和中的作用，所以，一般多用它治疗因外感风寒、内伤湿滞所导致的霍乱吐泻、发热恶寒、头痛身重、胸膈满闷及脘腹疼痛等症 。
其实，藿香正气水的功能远不止这些，它还有很多其他妙用！
1、头癣、手足癣、灰指甲
现代医学认为，皮肤癣、灰指甲是皮肤癣菌感染引起，而藿香、紫苏、白芷、桔梗分别对多种致病真菌有较强的抑制作用，故而在临床中治疗头癣、手足癣、灰指甲有较好的疗效 。
可用藿香正气水涂擦患处，每日1-2次，有条件每日多擦几次 。5天为一疗程，一般1～2个疗程即可见效 。
2、疖
中医一般分为暑疖和多发性疖病，认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成；现代医学认为是葡萄球菌感染所致 。
而藿香正气水中的紫苏等成分有抑制葡萄球菌的作用，此外，藿香芳香化湿，白芷发表、祛风、胜湿，能散郁除湿，治疗疖及疖病 。
可用棉签蘸藿香正气水，一日多次涂擦患部 。
3、白癜风
中医认为，白癜风是风湿两邪侵入毛孔，以致气血癌滞、毛窍闭塞而成 。
而藿香正气水有芳香通窍、促使气行的作用 。气归血帅，气行则血行，血行则瘀散 。
每日用净布蘸藿香正气水涂擦患部，微微用力，反复蘸擦至皮肤微红为度，一日2次 。
4、外阴瘙痒
因藿香正气水是由抗多种致病菌和杀滴虫的藿香、紫苏、白芷、生姜等药组成，故治疗外阴痞痒有较好的疗效 。
以藿香正气水1克：50克兑凉开水清洗外阴，男女皆可用 。不但有止痒疗效，而且有一种清爽感 。
因此，藿香正气水的稀释液也可以充作性器官的保健清洗剂 。
5、外痔
先将患处洗净，每次用藿香正气水2支加凉开水1000毫升，以药棉擦洗，每日2次 。
在炎症期发作时，有消炎止痛、促使萎缩之作用 。
6、调整肠胃
藿香含挥发油，能促进胃液分泌，增强食欲和消化机能，并对胃肠有解痉、防腐作用，故有芳香健胃之功，而为本方主药 。
紫苏、生姜、陈皮，均能使消化液分泌增加，抑制肠内异常发酵，促进积气排出，故可加强主药藿香行气健胃之力 。
紫苏尚可增强胃肠蠕动；陈皮则可缓解胃肠平滑肌之痉挛；白术所含挥发油少量时亦能缓和胃肠蠕动；半夏则有较为明显的镇吐效能 。
诸药配合，以纠正胃肠功能紊乱，有利于呕吐、腹泻等症状的缓解 。
7、发汗、解热
藿香及生姜均具有促进发汗之功；紫苏有解热之效，合而能解表祛湿 。
8、利尿作用
白术利尿作用较为明显；茯苓亦有一定利尿效果，合而又能利水渗湿 。
9、祛痰止咳
桔梗所含皂甘，及陈皮所含挥发油，均有剌激性祛痰作用；半夏的镇咳作用明显；甘草则既能祛痰，又能镇咳；陈皮对气管及支气管有轻度扩张作用，而有助于平喘 。
诸药配合，有祛痰、止咳平喘之效 。
10、抑菌、抗病毒
厚朴有广泛抗菌作用，其抗菌成分较稳定，不易被热、酸、碱等所破坏 。试验证明，其对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、痢疾杆菌等均有抑制作用 。
紫苏对大肠杆菌、痢疾杆菌、葡萄球菌等亦有抑制作用 。
藿香所含广藿香酮则对金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、痢疾杆菌、甲型溶血性链球菌、肺炎双球菌，均有抑制作用 。
11、水土不服
藿香正气水(液)具有解表化湿、理气和中的作用，可以缓解消化不良、呕吐、腹泻等胃肠道不适 。
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