在这场战役中，玩家抵御了盟军的一波波空袭，并且摧毁了盟军的前线基地 。库可夫将军以作战为名在玩家手中攫取了大量资金 。与此同时，查丹科总理发来消息称：前一段时间的暗杀事件乃库可夫将军所为，并告诉玩家库可夫已经叛变，要求玩家铲除库可夫将军，玩家遵从了总理的指令，消灭了库可夫将军和他的部队 。在库可夫之死和空军基地的毁灭之后，苏联发动了对日本本土的战争，玩家亲自指挥了在富士山天皇宫的对升阳帝国天皇芳朗的刺杀行动 。
杀死天皇后，帝国三军的代表指挥官也被击败，在此役后，升阳帝国已无法“回天” 。然而，在此战之前，发明改变苏联命运的时间机器的泽林斯基博士私自通知玩家，并告诉玩家改变历史的真相，但是在信号中途被查丹科总理切断，泽林斯基博士也再没有出现过（有可能是被总理"肃清"掉） 。总理命令玩家前往复活节岛，负责保护苏联－盟军和谈的大使（实际上这是一个由总理企划的、企图全歼盟军来访军队的阴谋） 。
玩家听从总理的命令，击败了当地的盟军 。正当好像一切都结束了的时候，不可思议的事情发生了——总理传来信息，称玩家已没有利用余地，想要除掉玩家（如此可见查丹科总理庞大的野心） 。幸运的是，玩家成功摧毁了总理所在的复活节岛火山要塞，并且杀死了总理 。在此战之后，苏联已经统治了大半个世界，最后将矛头指向美国纽约 。
玩家和另外一名指挥官尼可莱·莫斯克文配合入侵纽约，首先切断了当地的供给线，并摧毁了布莱德利要塞，同时建造了新的基地，成功在纽约站稳了脚跟 。在玩家毁灭性的进攻下，自由女神像倒塌了 。玩家完全击败了盟军，并且当上了苏联的新一任总理，一个新的“红色世界”建立了 。盟军战役在盟军战役中，玩家会成为盟军的指挥官，盟军在欧洲节节败退，苏联占领了西欧大部分地区——除了英国布莱顿海岸 。
盟军决定守住布莱顿海岸，玩家在指挥官吉尔利斯·皮斯帮助下，成功击退了库可夫率领的部队 。然后，盟军决定解放法国的戛纳，玩家在谭雅、间谍和指挥官华伦·富勒的帮助下，盟军保护了法国的高级官员并成功打败了苏联指挥官尼可莱·莫斯克文 。再后来，盟军决定解放德国的海德堡，玩家在指挥官利塞特·汉莉帮助下，摧毁了苏联的铁幕装置和被铁幕装置保护的苏联指挥所 。
但就在这时，升阳帝国开始崛起，并通过浮岛要塞占领了直布罗陀，盟军将领罗伯特·宾汉决定让玩家和苏联合作打败升阳帝国，但这遭到总统反对，但苏联和盟军还是一起夺回了直布罗陀，接着盟军和苏联再次合作，控制了升阳帝国在北海的浮岛要塞，但这时，总统决定消灭苏联，于是便去拉什莫尔山启动终极武器——末日罗斯福，玩家和谭雅一起摧毁了末日罗斯福的控制器并杀掉了总统 。
后来，谭雅来报，升阳帝国将军将去东京参加会议，盟军决定让玩家再次和苏联和合作去摧毁升阳帝国，但苏联却背信了，不过玩家还是驱赶了升阳帝国 。后来，格雷戈尔·赛林斯基博士背叛苏联，告诉了盟军升阳帝国不该出现的真相，并告诉苏联在哈瓦那有所动作，盟军决定派玩家去哈瓦那探明情况，发现了苏联想利用隐藏在运动场里的基洛夫飞艇去轰炸盟军的任何一个城市，玩家成功的阻止了他们的计划，随后，苏联只得退守列宁格勒，总理托尼·查丹科决定逃亡太空，盟军决定让玩家去摧毁列宁格勒的中心要塞，要塞被摧毁后，苏联领导人被打入冰牢，最后，全世界恢复了自由，玩家得到情报官伊娃·麦肯娜和谭雅的邀请，美国原本的副总统成了总统 。
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