因为咸丰三年以后的大部分时间里，漕运总督与江南各省的督抚一起，归两江总督曾国藩和左宗棠节制 。这两人当江督开创了清朝270年的先河，都是侯爵和大学士身份 。其中曾国藩的头衔里明确节制江南四省军务，左宗棠则以军机大臣和钦差大臣身份兼任，代表朝廷坐镇东南半壁，差不多等同于半个皇帝 。不过漕运总督毕竟是总督，品级和政治待遇上与其它总督一样 。
清朝有两个行业专任总督，除漕运总督外还有个河道总督，负责治理黄河的，但漕督有例加衔，河督没有例加衔，因此河督实际上比漕督低一级，也很不受重视，是个费力不讨好的差事，尤其到了晚清，分量上甚至不如一个布政使，后来干脆撤销，与漕督合并 。例加衔是朝廷为了平衡督抚和六部九卿主官待遇的特殊政策 。清开国之初，官制完全仿照前明，重内廷轻地方 。
六部尚书都是从一品，侍郎正二品 。而地方总督则低一级，是正二品，巡抚为从二品 。但在实操中，总督和巡抚担负的责任则远远大于六部尚书和侍郎，所需要的任职能力也高于六部，尤其是，遇有战事，总督和巡抚都要带兵打仗 。（通州张家湾仓场侍郎驻地，漕船终点）于是，从康熙年以后，总督例加兵部尚书衔，巡抚例加兵部侍郎衔 。相应地，督抚的品级也与六部堂官一致了 。
此外，为了方便督抚节制属下文官，总督例加右都御史衔，巡抚例加右副都御史衔 。漕运总督主要负责漕粮的运输，因此，管理京杭大运河和运粮的漕丁就成了他的主要职责 。清朝时，漕督和仓场侍郎一起，成为国家粮食部门的主管，是炙手可热的职位 。清朝的京杭大运河流经八个省，因此这八个省的督粮道就成了漕运总督的直接下属 。督粮道正四品，大致相当于今天各省的粮食局局长，负责漕粮的收兑押运和临时储存工作 。
巡漕御史也是漕督的重要属下，但由于它是都察院派驻，由都察院和漕运总督双重领导 。清乾隆以后，巡漕御史定制四人，从六科给事中和御史中轮流选拔，因此品级也不固定，大约在六品以上，四品以下 。（京杭大运河起点，杭州）漕运总督的工作主要是收储和运输粮食，将产自两江和闽浙地区的粮食运到北京 。每年八月江南稻谷收割，各省布政使和督粮道征收清点，漕运总督督促漕丁装船，赶在每年十月运河冰封之前运到通州张家湾的仓场侍郎那里 。
所以每年秋天是漕运总督最忙的时候，一直忙到最后一艘漕船抵京，就可以大张宴席庆功了 。咸丰十年，由于太平天国定都天京以后，安徽和苏北成为最重要的战场，朝廷授漕运总督节制江北军务，江北武官各镇，文官各道，悉归漕运总督节制 。同时由于战事吃紧，漕督一度成为专门领兵打仗的统兵将帅 。袁世凯的叔祖袁甲三那个时候就是漕运总督，他从当上漕督那天起，就一天也没管过漕粮，甚至连清江浦都很少去，天天带兵打仗，几乎成了专职的武将了 。
袁甲三是道光十五年乙未科进士，是项城有史以来第一个进士，但却因为能打仗，从署安徽布政使那天起就例加兵部侍郎衔 。他也是第一个漕督兼河督之人，咸丰皇帝命他提督八省军务，赐号“伊勒图巴图鲁” 。漕运总督衙门设在淮安是因为当时黄河是夺淮入海的，淮安的清江浦是黄河与京杭大运河交汇处 。由于漕运总督衙门驻在清江浦，所以咸丰朝以前淮安是个一线城市，比一般的省会都要繁华 。
（漕运总督驻地，清江浦）漕运总督在清朝是个肥缺，因为他经手粮食，又兼管理漕船，势力范围从通州到两江，手头上很宽裕，所以才常常被朝廷用来调剂和安抚吃过苦头的巡抚等大员 。1855年，咸丰五年，黄河第五次改道，在河南铜瓦厢决口，夺山东大清河入渤海，清江浦就此没落 。相应地，山东临清至济宁段的运河因此而断流，大运河就此式微，漕粮不得不另寻出路，沿江南河网至上海，从海路运抵天津，漕运总督的地位进一步下降 。
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