倭寇不敌，一直逃走，，没想到他们趁台州兵力空虚由来偷袭，戚继光一马当先手刃倭寇首领，剩余的倭寇群龙无首，最后大多在瓜陵江淹死了 。而圻头倭寇竟又来侵犯台州，戚继光马不停蹄，再次率军于仙居将其全歼 。台州大捷后，戚继光被朝廷表扬，官升三等 。《明史·戚继光传》：四十年，倭大掠桃渚、圻头 。继光急趋宁海，扼桃渚，败之龙山，追至雁门岭 。
贼遁去，乘虚袭台州 。继光手歼其魁，蹙余贼瓜陵江尽死 。而圻头倭复趋台州，继光邀击之仙居，道无脱者 。此后，闽、广一带的倭寇流入江西一带作乱，总督胡宗宪无法平定，于是让戚继光来增援，戚继光率军于上坊巢将其击破，倭寇奔走建宁，戚继光引军回浙江 。福建之战：嘉靖四十一年（1562年），倭寇大大举侵犯福建，先后攻陷寿宁、政和、宁德等地，广东方面的倭寇也跟着行动，攻陷玄钟所，并进犯龙岩、松溪、大田、古田、莆田等地 。
朝廷命令戚继光率兵前去进攻，在横屿大破倭寇，斩首两千二百余级 。戚继光乘胜追击，一直追杀到福清，捣毁了倭寇的大本营，倭寇剩余的人像无头的苍蝇一样，又朝着兴华奔逃，戚继光马不停蹄，一路追杀，又捣毁倭寇据点六十余营，斩首无数 。《明史·戚继光传》：闽中连告急，宗宪复檄继光剿之 。先击横屿贼 。人持草一束，填壕进 。
大破其巢，斩首二千六百 。乘胜至福清，捣败牛田贼，覆其巢，余贼走兴化 。急追之，夜四鼓抵贼栅 。连克六十营，斩首千数百级 。平定福建之后，戚继光回浙江，再回去的路上，又遇到少量的倭寇从东营澳上来，于是戚继光直接杀了过去，消灭了他们，至此，闽广一带的倭寇几乎被戚继光杀光 。兴化之战：戚继光回到浙江之后，新来的倭寇休养生息，伺机侵略，等他们发展起来之后，用计策夺取了兴化城，倭寇占据兴化，周围的将领率军来攻，都打不下来，反而失败，并且丢失了平海卫，这是戚继光受命前来，会同俞大猷，谭纶围攻平海卫，一举告破，斩首两千余级，戚继光等率兵追击，倭寇道路不通，又被斩杀三千多人 。
戚继光因为战功卓著，被朝廷任命为都督同知，世廕千户，代替俞大猷为总兵 。仙游之战:嘉靖四十三年（1564年）二月，倭寇仍然不甘心之前的失败，于是再次集结一万多人，攻打仙游，围攻了三天都没有打下来，戚继光赶来解围，率军追击，倭寇逃到漳浦蔡丕岭，戚继光在此处与倭寇短兵相接，连俘带杀一百多人，剩下的倭寇用抢夺来的渔船，逃到海上，随后侵扰福宁，戚继光再次领兵追杀，将倭寇击败 。
同一年，倭寇会同海盗吴平劫掠潮州，虽然武平被俞大猷击败，并被收服，但是吴平本性难改，伙同流散倭寇一万多人，先后在走马溪、泊浦澳登陆，洗劫南村堡和港口村 。戚继光即刻率军前来围剿，吴平得知后放弃之前据守的梅岭，集合大船一百多艘，逃入南澳，并修筑大寨防御 。嘉靖四十四年（1565年），俞大猷率领水军，戚继光率领步兵，二人合力围剿吴平，吴平破败，孤身逃往凤凰山 。
《明史·戚继光传》：寻与大猷击走吴平于南澳，遂击平余孽之未下者 。《明史·俞大猷传》：大猷将水兵，继光将陆兵，夹击平南澳，大破之 。平仅以身免，奔据饶平凤凰山 。这就是戚继光抗倭的主要事迹，之后他被调往北方，防抗鞑靼 。戚继光结局：因为戚继光是被张居正举荐的，所以他在朝廷内被人归为张居正一派，在张居正死后，戚继光被有心之人参劾，被朝廷调往广东，万历十三年（1585年），戚继光再次被参劾，最终被罢免官职，病死在家乡 。
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