但其上升态势非常迅猛，2005年，上海交通大学合并了上海第二医科大学，实力进一步提升，加之上海非常优越的区位优势，上交已经后来居上，执全国交通系院校之牛耳，成为仅次于清华北大的顶尖学府 。败也地理，说的是北京交通大学 。北京交通大学的前身，为北京铁路管理传习所，也是国立交通大学重要源头之一 。90年代以前，其实力都不亚于上交和西交，但后面的发展不太乐观 。
北京交通大学就预入选211建设高校是在1994年，但随后就没有正儿八经进入过985院校名单 。没有入选985，也就意味着无缘竞争顶尖大学 。进入本世纪初，上海交通大学合并了上海第二医科大学，而北京交通大学则匆匆忙忙合并了北京电力高等专科学校 。这也好理解，作为首都，北京需要顶尖大学，而且是代表国家形象的顶尖大学，这方面已经有北大、清华了 。
北京交大作为一个行业机构，不可能得到北京所有的支持 。在高校合并中，最顶尖的医学院，北医给了北大，而北京协和医学院和清华长期合作 。此外，还有中国人民大学、中国石油大学、北京航空航天大学等实力较强的高校 。，争夺资源 。虽然蛋糕很大，但分享的人太多，北交大能拿到的资源很少 。相反，上海交通大学和复旦大学成为了上海的两张名片，可以说是把上海交通大学做得很好 。Xi交通大学也被古城Xi视为掌上明珠 。
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