公积金扣款会二次补扣，前提是首次扣款失败 。住房公积金扣款优先从公积金账户中扣除，如果公积金账户的余额不足以扣款，那么会从绑定的银行卡中扣除还款本息 。当公积金中心系统没有主动扣款时，借款人可主动联系客服完成二次扣款 。
公积金贷款的优点有哪些1、贷款利率低于商业贷款
买房时用住房公积金贷款，能为购房者节约不少购房成本 。
2、首付比例低
一般情况下，公积金贷款买房首付比例要比商业贷款低 。
3、每月还款额少
另外，不同地区商业贷款年限不一样，全国各区商业贷款的贷款年限只能贷到30年，而且大多数房龄较老的二手房只能贷到10年，贷款利率高，月供压力较大 。公积金贷款和商业贷款相比，公积金贷款不仅还款时间灵活，还款利息还少了很多 。
公积金贷款的缺点有哪些1、贷款有限额
公积金贷款利率比商业贷款利率低不少，但是，为什么还有人宁愿放弃公积金贷款也要申请商业贷款呢?其中最主要的原因就是公积金贷款有最高额度限制，虽然个人与夫妻申请的最高额度不同，但在一二线城市，就算公积金贷款贷到了最高额度，也完全不够买房 。
2、缴存时间有限制
一般情况下，如果想要使用公积金贷款买房，首先就需要缴纳一定年限的住房公积金 。不同城市对于公积金缴存时间有所不同，有的城市要求借款人连续足额缴存公积金半年以上，且公积金账户处于正常缴存状态，也有的城市要求连续缴存一年以上才能贷款 。
3、放贷周期太长
公积金贷款流程较为繁杂，导致放贷周期就会比较长，如果购房者急着买房，那么公积金贷款就不太现实了，很多购房者最终选择了商业贷款 。
4、账户余额影响贷款额度
【住房公积金扣款会二次补扣吗】另外，公积金账户余额会影响贷款额度，如果账户余额太少，那么能申请到的贷款额度就会越低，所以在申请公积金贷款前，最好不要动公积金账户余额 。不过，并非所有城市公积金贷款额度都受账户余额影响 。
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