北京大学学科或学位点的优胜劣汰难以实现 。在加强内涵、提升质量的发展导向 ， 以及国家推动学位点动态调整的背景下 ， 对学科点数量的追求主要体现在高校基层培养单位间的调配上 。优化学科生态 ， 实现学科点的优胜劣汰 ， 成为高校学科建设的重点和难点 。但学科调整涉及院系重组 ， 触及研究生导师的切身利益 ， 即使全力推进深化综合改革的部分高校 ， 也未能从根本上达到预期目标 。
研究生的人才培养环节中 ， 部分关系失衡 。在高层次人才培养中 ， 需要协调好成长与成才、本科生教育与研究生教育、学术能力与职业能力等多种关系 。南京大学目前 ， 我国研究生院在协调上述关系中的功能发挥尚有不足：部分高校研究生院和研究生工作部的设置是相对独立、职能分离的 ， 这使德育与专业教育没有很好融合的问题更为突出；高等教育的两个阶段——本科生、研究生的教育体系互动不够 ， 在课程设置、培养模式等方面衔接不紧密 ， 衔接形式也较为单一；重学术能力 ， 轻职业能力培养 。
研究生教育体系缺乏开放性 ， 我国研究生院在服务社会、走向职场方面依然任重而道远 。研究生院要顺应发展潮流 ， 需要多推出一些革新政策 。教学投入不够 ， 这一直是国内研究生教育的弊端 。因此 ， 各个高校的研究生院应当实施鼓励教学投入、课程改革等方面的举措 ， 引导导师成为教学的研究者 ， 实现科研与教学在人才培养中相辅相成的目标 。
清华大学比如 ， 着力优化学位点或学科布局 ， 真正实现动态调整 ， 正确处理高层次人才培养环节中的各种关系 ， 切实落实立德树人的根本任务 ， 在研究生教育中以成人教育统领成才教育 ， 促进研究生的健康发展 。还有 ， 实现不同教育阶段衔接方式的多元化 ， 加强本科生院、研究生院在人才培养中的协同互动 。在重视学术创新能力提升的同时 ， 借鉴国外从研究生院走向职场的发展之路 ， 重视对专业学位研究生实践能力的培养 ， 以及对学术学位研究生未来职场所需职业技能、软技能的培养 ， 以促进研究生院人才培养职能的多样化 。
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