刚开启神器系统时，可以自动获得一个幌金绳，使用忍玉或者金币，能够对神器进行强化 。当强化到一定等级后，会陆续解锁下一个神器 。神器每得到一次升级，就会对命、攻、防三个属性各有加成，能够大大提高忍者的战力 。金币强化的经验值，比用忍玉普通强化会多出5点 。每个神器都有三个槽位，通过不断强化升级后能够逐一解锁 。在这三个槽位里可以可以放置洗练后的仙能雕纹 。
仙能雕纹可以使用轮回石来进行洗炼，洗炼后命、攻、防三个属性会产生变化 。如果轮回石不足，则会消耗金币来继续洗练 。神器的强化是忍玉，忍玉主要获得来源是秒木仙境日结算，偶尔完成特定任务也可获得 。仙能雕纹的洗练，则需要轮回石的支持，而轮回石的获取则是小队突袭掉落，或者是日活跃积累满百开启宝箱获得 装备的升级是让装备的属性提升最为直接方便的方式 。
装备的升级需要遵循一个最基本的规则，那就是装备的等级，不可以大于玩家的等级 。装备升级消耗幻彩石和铜币，随着装备等级提升，升级消耗的铜币和幻彩石会增多 。装备升级后，装备基础属性全面提高 。装备进阶装备在强化到满级之后，就可以进阶了 。装备进阶之后，会提升一定的装备属性，不过很少，但是装备进阶之后，玩家可以在对装备，再进行几次装备强化，原有的强化等级会变高 。
而装备进阶需要消耗的铜币、白铁矿石、南斗之玉、北斗之玉、炎之卷轴、炎之石等材料 。装备的强化等级变高之后，装备的进阶所需要的进阶材料，就会越难获取 。玩家可通过挑战各种冒险副本，来获得各种进阶材料 玩家可对身上或背包里的饰品，进行强化操作，来提高饰品的属性效果 。强化需要消耗秘术之尘和秘术之星2种强化材料，随着强化等级提高，消耗的强化材料增多 。
强化过程中有一定成功几率，随着强化等级提高，强化成功几率降低 。玩家可使用保护符，来增加强化成功几率 。秘术之尘和秘术之星两种材料，可通过分解各种饰品获得 。饰品品质越高，分解所得的强化材料越多 饰品洗练每件饰品都可以选择1条，且仅能选择1条属性进行洗练 。每次洗练都会随机出现3条新的属性，需要从3条新属性中，选择1条替换之前选中的旧属性 。
每人每天可洗练50次，洗练次数每天5时重置 。饰品洗练需要消耗奥秘精华材料，这种材料可从商城购买到 。根据饰品的品质属性不同，洗练所花费的奥秘精华数量不同，饰品品质越高，消耗的奥秘精华越多 勾玉勾玉是提升玩家自身战斗力的道具，勾玉相当于火影世界的宝石，镶嵌在装备上面增加各项属性 。勾玉系统需要玩家到达25级，并通关第三章冒险副本“来自李的挑战”才可以开启，而且每个勾玉镶嵌槽的解锁等级，也是不一样的 。
每个勾玉都存在各种不同的属性，而这些属性基本上可以通过颜色来区分，红色勾玉增加攻击力、蓝色勾玉增加防御力、青色勾玉增加生命力、紫色勾玉增加防御力和生命力、黄色勾玉增加攻击力和生命力 。勾玉可以对装备和通灵兽进行镶嵌，镶嵌在玩家的装备和通灵兽上，就能够大幅度的提升玩家的战斗力 。每件装备都可以镶嵌5个勾玉 。
根据装备的等级，陆续激活对应的勾玉孔位，所以勾玉的镶嵌跟装备的强化等级是直接挂钩的 。《火影忍者》手游中的勾玉可以随意镶嵌和摘除，不需要花费任何开销，如果玩家觉得镶嵌在武器上效果不好，可以马上转移到通灵兽上 。《火影忍者》里的勾玉可以互相合成，点开勾玉系统之后，先把勾玉镶嵌到装备上，然后点击已经镶嵌到装备上的勾玉图标，就会进入合成界面 。
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