病毒或细菌株变异如果病毒或者细菌株发生了变异，那么疫苗接种也会失败 。病毒的变异也是在疫苗制备中要注意的问题，病毒变异的原因很复杂，可能是病毒自身基因造成的，也可能是外界环境的刺激，比如一些化学或物理因素，引起病毒基因突变，同时一些药物如抗生素的滥用也会造成病毒耐药性的改变，使免疫效果降低 。
母源抗体问题【猫三联免疫失败 猫免疫失败的原因】通过胎盘、初乳从母体所获得的抗体称为母源抗体 。由于母源抗体的存在，幼小猫咪对某些疾病具有较强的抵抗力 。何时开始接种疫苗与母源抗体的水平有关 。母源抗体在体内循环的时间在不同个体内、不同的抗体是不同的 。每个个体都有一个易感期，时间长短不一，从几天到几周，这期间母源抗体的水平高到不能使疫苗发挥作用，却又低到不足与抵抗传染病 。这期间即使接种了疫苗，仍然会得传染病 。不同窝甚至同窝不同个体之间的易感期也都不一样 。所以年龄小的猫咪要考虑母源抗体的干扰，应按疫苗说明书接种 。一般猫十二周龄时，体内母源抗体已降到了非干扰水平，多数传染性疾病最后一次接种应在十二周龄或稍后，才能使猫咪具有保护力 。
免疫使用的器具在接种时免疫使用的器具也要注意，针头，、射器要先消毒，未消毒的注射器、针头和滴管会使疫苗性能下降 。在疫苗稀释时，未消毒或受污染的稀释液会造成疫苗不纯 。同时制备时用水要用蒸馏水，使用含氯自来水稀释疫苗会使疫苗免疫活性下降，出现免疫失败 。
疫苗使用不当接种途径没有按疫苗的要求进行，比如在接种途径上有些药皮下注射，有些则要肌肉注射或滴鼻等，还有一定要按剂量注射 。
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