1890年春 ， 摩尔根完成“论海蜘蛛”的博士论文,获霍普金斯大学博士学位 。1891年秋 ， 摩尔根受聘于布林马尔学院,任生物学副教授 。
1895年升为正教授 ， 从事实验胚胎学和再生问题的研究 。1903年摩尔根应威尔逊之邀赴哥伦比亚大学任实验动物学教授 。从1909年到1928年,摩尔根创建了以果蝇为实验材料的研究室 ， 从事进化和遗传方面的工作 。
1928年,62岁的摩尔根不甘心颐养天年的清闲生活 ， 应聘为帕萨迪纳(Pasadna)加州理工学院的生物学部主任 。他将原在哥伦比亚大学工作时的骨干布里奇斯、斯图蒂文特和杜布赞斯基(T·H·Dobzhansky,1900-1975)再次组织在一起 ， 重建了一个遗传学研究中心,继续从事遗传学及发育、分化问题的研究 。
1945年12月4日 ， 因动脉破裂,摩尔根在帕萨迪纳逝世 ， 享年78岁 。
