1634年莫卧尔皇帝将他对英国商人的优待扩展到孟加拉地区（1717年甚至完全赦免了孟加拉地区的关税） 。东印度公司的主要贸易货物是棉花、丝绸、靛青、硝酸钠和茶 。同时东印度公司不断对荷兰人通过马六甲海峡对香料贸易的垄断挑战 。
1657年奥利弗·克伦威尔更新了1609年的特许状并对公司的股份分配进行了小的调整 。英国皇室复辟后公司的地位更加提高 。
1670年查理二世发布了五条法律，授予东印度公司自主占领地盘、铸造钱币、指令要塞和军队、结盟和宣战、签订和平条约和在被占据地区就民事和刑事诉讼进行审判的权利 。东印度公司的敌人包括商业竞争者、敌对国家和国内的敌对势力，因此它需要更多的保护权利 。从事军事行动的权利因此对公司来说是非常重要的 。
1711年，东印度公司在中国广东建立了一个贸易点来使用银换取茶叶 。
1680年代公司很快就建立了一支自己的武装力量，其主要人员来于对当地居民的征募 。
到1689年为止东印度公司可以说拥有了一个“国家”的特性，它自主地控制着孟加拉、金奈和孟买的统治，拥有可怕的和有威胁性的军事力量 。
在1698年，公司拥有了自己的格言“从属于赞助者——英格兰国皇和国会”（Auspico Regis et Senatus Angliae） 。
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