酸菜老师讲过,挑、圈、联、靠四字诀,是架构起生信文章分析的四大标准模块 。这其中,挑即表达差异,指的是从高通量数据分析得到差异分子列表的数据处理过程 。
在高通量检测这个领域中,基因芯片是当仁不让的扛把子,是了解基因组结构和功能的绝佳利器 。生物大数据之所以这么红火,就是因为有芯片为科研者提供了海量数据来做支撑,唯有如此,科研者们才能深挖数据得到有用的信息 。
因而,在《生信体系课-上篇》的第一个段位中,对芯片数据的来源和下载的具体阐释,就成为了第一个知识模块 。其中,第一课所讲解的就是芯片(特别是表达谱芯片)的基础知识 。
01
基因芯片,是固定在某种介质上(如玻璃或石英平面、微粒等)的一系列微小特征序列(通常为DNA探针)的集合,可被用于定性或定量检查样品内核酸分子的成分 。
首先,课程会从芯片原理到制备步骤,较为全面详细地介绍了Thermo Fisher Affymetrix(赛默飞昂飞)、Illunima(因美纳)和Agilent(安捷伦)三大生信平台表达谱芯片的特点、芯片制备、检测基本原理与步骤,以及常见的表达谱芯片 。
1.Affymetrix芯片
2.Illunima芯片
3.Agilent芯片
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