明弘光元年四月（清顺治二年，1645年（乙酉年）），南明弘光朝兵部尚书史可法督率扬州军民抗御清军围攻的守卫战失败以后，清军对扬州城内的人民展开了惨无人道的大屠杀，当时的幸存者王秀楚所著《扬州十日记》中记载屠杀共持续十日，故史称此事件为“扬州十日”，此劫扬州死难八十万人 。
1645年，清政府设立江南省，扬州府属之 。
康熙六年（1667年），江南省正式分为江苏、安徽二省，扬州府属江苏省 。
咸丰三年（1853年）四月，太平军攻占扬州，曾改扬州府为扬州郡，改甘泉县为甘泉天县，历时8个多月 。清末，扬州府领高邮州、泰州和江都、甘泉、天长（滁州）、仪征、兴化、宝应、东台县，俗称“扬八属” 。宣统三年九月十七日（1911年11月7日），扬州光复 。二十日，扬州军政分府宣布成立，隶属镇江都督管辖 。民国元年（1912年）1月，废扬州府，并甘泉入江都县，原扬州府所属各县直隶江苏省 。民国3年6月，江苏省分为5道，江都县属淮扬道 。
民国38年（1949年）1月25日，江都县城（扬州）解放 。27日，设立扬州市，隶属苏皖边区第二行政区 。同年苏皖边区第二行政区改称苏中行政区扬州行政专区，专员公署驻扬州市 。
1950年1月，扬州专区与划出如皋、海安给南通专区，划出东台、台北（今大丰）给盐城专区以后的泰州专区合并，滁州划出六合县给扬州，并划出江浦县给南京 。扬州专区辖扬州市、泰州市、兴化县、高邮县、宝应县、靖江县、泰兴县、江都县、泰县、仪征县、六合县2市9县 。
1956年3月，江都县析为江都、邗江2县 。1960年4月，宝应县、高邮县析湖西地区为金湖县 。1966年3月，仪征、六合、金湖3县划给新设立的六合地区 。1971年，六合地区撤销，仪征、六合2县划回扬州地区 。1975年，六合县划归南京市，扬州地区辖2市9县 。
1983年3月，江苏省改革地市体制，调整行政区划，扬州地区行政公署撤销 。原属扬州地区的泰州市和江都、邗江、泰县、高邮、靖江、宝应、泰兴、兴化、仪征9个县划归扬州市管辖 。扬州市改由省管辖，设广陵区和郊区 。1986年4月，仪征县撤县设市 。1987年12月，兴化县撤县设市 。1991年4月，高邮县撤县设市 。1992年9月，泰兴县撤县设市 。1993年8月，靖江县撤县设市 。1994年4月，江都县撤县设市 。1994年7月，泰县撤县设立姜堰市 。
1996年8月，经国务院批准，扬州市行政区划调整，撤销县级泰州市，设立地级泰州市，原由扬州市代管的泰兴、姜堰、靖江、兴化4个县级市划归泰州市管辖 。扬州市设广陵区、郊区（2002年更名维扬区），辖宝应县、邗江县，代管仪征、高邮、江都3个县级市 。
2000年12月，邗江县撤销县建制，改设扬州市邗江区 。扬州市共辖广陵、邗江、维扬3个区和宝应1个县，代管仪征、高邮、江都3个县级市 。
2011年11月13日，经国务院批准，撤销县级江都市，设立扬州市江都区 。将扬州市邗江区的泰安、头桥、沙头、李典、杭集5个镇并入扬州市广陵区 。撤销扬州市维扬区，将原维扬区的行政区域与划出5个镇的邗江区合并 。
2016年11月23日国务院正式批复扬州高邮市为国家历史文化名城，成为全国第130座、江苏省第13座国家历史文化名城、扬州第2座国家历史文化名城 。
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