1.不能侵害知识产权的对抽象行政行为予以司法审查 。现行《行政诉讼法》规定法院只对行政机关及其工作人员对具体人、具体事、在具体环境中做出的对行政相对人有法律约束力的具体行政行为进行审查，不能对抽象的行政行为进行审查，哪怕这些行为已经实际损害到了不特定的、多数人的知识产权方面的权益 。
2.不能对知识产权的行政终局裁决进行司法审查 。根据我国《行政诉讼法》第12条第4项规定，人民法院不受理行政机关最终裁决的具体行政行为 。如不服国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府行政复议决定，而向国务院申请裁决，国务院作出最终裁决人民法院不予受理 。
3.缺失正当法律程序审查 。行政行为应当公平、公正，符合正当法律程序的原则，司法审查也应力求确保任何涉及知识产权的行政决定符合最低限度的公正、合理性，如果行政司法审查仅以“显失公正”或“滥用职权”作为是否合理与正当的标准，则会使一些行式或程序不合理、不公正的行政行为跃过司法审查范围而致使对知识产权人的权益保护不利 。
我国已加入WTO，所签署的WTO法律文件当中的TRIPs协议关于涉及知识产权保护涉及行政审查范围、司法保护的程序、保护措施等规定，它规定司法审查应涵盖所有有关知识产权的取得或维持的行政决定，异议、撤销和注销的行政决定，并要求各成员国采用有效的程序措施，即司法审查程序，制止任何侵犯协议所包含的知识产权的行为，且避免对合法贸易造成障碍 。因此，当有行政行为或行政决定侵犯到知识产权人的权利的时候，我国目前还难以全面对知识产权的予以行政司法保护，还需通过其他途径解决 。
三、知识产权的刑事司法保护
知识产权刑事司法保障主要是通过对严重侵犯他人知识产权，情节严重，依照刑法构成犯罪的行为处以刑罚处罚的制裁方式予以保障，当然，作为知识产权受到侵害的人可以在国家对犯罪人进行追诉的同时，提起附带民事诉讼，追偿受到犯罪行为侵害的物质、财产损失 。
对知识产权的刑事司法保护既维护了权益的合法权利，又促进经济秩序健康、稳定的发展，从而维护了我国良好的社会主义市场经济秩序 。同时，对知识产权的刑事司法保障也是世界贸易组织对成员国基于TRIPs协议关于知识产权保障的国内法要求 。TRIPs协议第61条规定：“全体成员均应提供刑事程序及刑事惩罚，至少对有意以商业规模假冒商标或对版权盗版的情况是如此 。成员可规定将刑事程序以及刑事惩罚适用于侵犯知识产权的其他情况，尤其是有意侵权并且以商业规模侵权的情况 。”作为WTO成员国，积极而真实地履行了自已所出的承诺 。
目前，我国通过刑事司法途径所制裁的侵犯知识产权的犯罪，是我国《刑法》分则第三章第七节中专节规定的“侵犯知识产权罪”这一类犯罪，从罪名来看，我国刑事法所保护的权利涵盖了商标权、专利权、著作权和商业秘密等知识产权，而且规定单位可以成为该犯罪主体 。而在司法实践中，对于侵犯知识产权犯罪还能根据《刑法》其他破坏社会主义市场经济秩序罪的其他规定加以定罪处罚 。例如，根据牵连犯的原理，对既侵犯知识产权又生产、销售伪劣商品或非法经营的行为，按生产、销售伪劣商品罪或非法经营罪定罪处罚 。由此，对于侵犯知识产权犯罪法定刑的确定规定可以是多层次的，最低的可单处罚金，最高则可判处死刑(生产、销售假药，生产、销售有毒、有害食品罪) 。即使单纯的侵犯知识产权犯罪行为，最高也可以判处7年有期徒刑，并且无论对侵犯知识产权罪定罪处罚还是以生产、销售伪劣商品罪或非法经营罪定罪处罚，均必须同时判处财产刑，从经济上剥夺犯罪分子的再犯能力 。
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