但是用户一旦购买了即将上市的使用S60第3版的手机就会发现，现有的支持S60第1,2版的第三方软件竟然没有一款能够在新手机上运行了，甚至安装都不行 。这类手机包括3250、N71、N80、N91、N92、E60、E61、E70，以后会更多 。看着手机屏幕的熟悉的S60界面，用户可能很茫然 。诚然，S60第3版的显示界面和前两版的很类似，主要有了下列几项改进：多种分辨率、横向纵向屏幕的支持（并不是导致兼容性的根本原因，想想N90），卷滚条由底部菜单的箭头改为右侧的一条线，九宫格图标改为3x4，正在运行的程序在九宫格对应图标的右上角显示一个小圆圈…… 。然而，藏在基本相同的用户界面底下的，是操作系统的前后不同版本之间的巨大的差异 。
S60第1版使用了Symbian 6.1版操作系统，第2版和第2版FP1使用了Symbian 7.0s，第2版FP2使用了Symbian 8.0a，第2版FP3使用了Symbian 8.1a，第3版使用了Symbian 9.1（注意不要把Symbian 9操作系统和S90手写屏平台混淆，这是两个不同的概念 。基于S90平台的手机只有7710，它使用了Symbian 7.0s操作系统） 。因为Symbian自从版本9以后引入了许多崭新的特性，使得它和以前版本的兼容性遭到了彻底的破坏 。也就是说，S60的兼容性问题是其底层的Symbian操作系统导致的 。在此给出带来兼容性问题的3个主要新特性：
（一）开发Symbian 8.1a及以前版本的工具中，编译器使用的是gcc for ARM 。9.0及以后版本使用的编译器是支持ABI标准的RVCT 。诚然，使用RVCT使得在相同的硬件条件下，新的系统速度更快、更省内存 。但是，两者编译产生的可执行文件和DLL文件的格式有诸多不同，是导致系统兼容性问题的最主要原因 。
（二）Symbian 9.0及以后的版本引入了新的系统安全模型 。因为越来越多的个人信息（如电话簿、商业机密文档）会被保存在智能手机中，防止恶意软件或病毒窃取这些信息或者耗费用户通信费用很有必要 。用户会注意到，以前的系统中安装的某个软件的所有文件都会存储在systemappsxxx目录下 。Symbian 9.0及以后的系统中，某个软件中的不同文件会存放在不同的目录 。可执行文件（.exe，以前是.app）被统统放在sysbin下，资源文件被统统放在resource下，每个软件的所有私有数据被放在private<软件安全号>目录下，其他目录是供所有软件共享的目录 。其中sysbin和resource用户不能更改，可执行文件只能由安装程序复制进去 。private<软件安全号>只能由软件安全号所对应的软件访问 。可执行文件引入了能力模型 。取得某些能力，例如访问用户的电话簿、发送短信、修改手机设置等，需要让可执行文件获得Symbian公司或者诺基亚公司的数字签名 。系统还具备可执行文件防纂改功能，安装经过修改的软件包，或者用读卡器修改存储卡的sysbin目录，会被Symbian系统发现 。引入这些性特性，使得系统的安全性大大提高，各种私人数据可以放心的保存在手机中 。但是系统安全模型的引入，是导致系统兼容性问题的另一个重要原因 。
（三）Symbian 8.1a及以前版本全部使用了EKA1核心，9.0及以后版本使用了EKA2核心 。EKA2全面改进了EKA1的任务调度算法，完全支持实时性 。实时性是支持某些高带宽、高优先级的任务对系统的基本要求 。这些任务包括VoIP网络电话、高速率的视频在线点播 。EKA2还可以利用最新的CPU特性 。但是，EKA2和EKA1的一些区别导致了少量兼容性问题的出现 。
因为这些新特性会导致S60第3版和先前版本的彻底的不兼容，所以Symbian和诺基亚在引入这些特性前肯定做了许多权衡 。最后决定，为了Symbian和S60系统长远的发展，例如支持VoIP、支持在线的MP4高速解码和回放、支持商务人士对应用软件的安全性要求，忍受软件兼容性的阵痛是值得的 。另外，诺基亚已经承诺，S60的第4版会和第3版保持兼容性 。
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