2、两者的呼吸道虽然都可见到喉头、气管环的充血出血，内含粘液性分泌物的现象，但新城疫病鸡因病程长，不仅气管内分泌物粘液多见，而且肺一侧或两侧大多有大叶性肺炎症状，许多情况下可见到肺与有纤维素渗出的胸膜粘连 。
3、虽然两者能见到腺胃乳头的肿胀，出血点等现象，但新城疫病鸡的肌胃角质层下有出血，而且胃内容物大多呈绿色，非常典型 。
4、由于典型的新城疫病鸡病程一般比禽流感长，发生死亡多在出现症状2～3天后，对于具体病鸡发病至死亡常见的多在4～5天以上，因而在剖检变化上出现典型的病变 。如临床上新城疫多见到一是盲肠扁桃体严重肿胀，许多病例都肿成黄豆粒大的圆疙瘩，剪开后呈严重增生和出血；二是多数新城疫病鸡的胸腹腔气囊呈现严重的化脓性坏死性气囊炎 。凡出现盲肠扁桃体和气囊上述病变的鸡其病程多在5天以上，这两点病变与禽流感是截然不同的，国为若是高致病性禽流感那鸡群早就死亡了，目前较常见的新城疫鸡群多数情况下死亡率往往还不到20% 。
从病原学诊断上去鉴别
禽流感病毒属于正粘病毒科，而新城疫病毒是副粘病毒科，只要有两者分别不同的标准抗原，标准分型诊断血清、标准对照血清，应该说做血凝试验和血凝抑制试验（即HA试验、HI试验）应该是不难区别的 。只是禽流感的病情确
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