上面说的是犬科的传统分类方法，但现在犬科的分类发生了重大变化 。薮犬亚科已经不复存在，因为根据分子生物学的结论，豺（亚洲野犬）、非洲野犬和犬属之间的差异并非像之前想象的那么大，而高挑的鬃狼却被证实和小短腿薮犬有着最亲的亲缘关系 。和其它犬属物种格格不入的黑背胡狼和侧纹胡狼被踢出了犬属，因为它俩和犬属的关系，比豺、非洲野犬和犬属的关系还要远 。
按照最新的分类，犬科动物有三条主要支系：狼型犬科动物，包括犬属、豺属和非洲野犬属等（黑背胡狼和侧纹胡狼已经独立成属）；南美犬科动物，包括鬃狼、薮犬、小耳犬、阿根廷狐等南美洲原生犬科动物；狐型犬科动物，包括红狐、北极狐、耳廓狐在内的绝大部分南美洲以外的狐狸 。狐亚科的多半成员仍然属于狐型犬科动物，只有少部分被调整 。
灰狐，虽然它很像狐狸，但不是真正的狐狸
除了上述三个主要支系之外，还有两个物种位于分支的基部：灰狐和岛屿灰狐，这俩货在狐亚科的一堆狐狸精中本来就显得格外孤立，分类学家对它们一直就很挠头 。作为犬科动物，它们居然会爬树！现在尘埃落定，分子生物学的证据说明，灰狐和岛屿灰狐在犬科动物属于另类的小支系，它们的远祖在犬科动物分化之初就已经另立门户了 。
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