左宗棠反驳道：“天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群 。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富 。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆 。”他还说：“我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师……若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日 。而况今之与昔，事势攸殊 。俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂 。徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不豫为绸缪者也 。”他认为“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺”，收复新疆，势在必行 。
光绪元年(1875)同年5月，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，拥有筹兵、筹饷和指挥全权 。左宗棠受任后，立即准备进军新疆 。
光绪二年(1876)二月，左宗棠移驻肃州，就近指挥新疆战事，各路大军陆续西行出关 。
六月二十一，西征军夜袭黄田，开始收复新疆战役，继而攻克古牧地、乌鲁木齐 。九月，西征军收复玛纳斯，北疆平定 。次年三月，西征军挥师南下，先后攻克达坂、吐鲁番等城 。
光绪三年十二月初二日(1878年1月4日)，西征军肃清和田之敌，取得完全胜利 。左宗棠以公由一等恪靖伯晋为二等恪靖侯 。
左宗棠随即致力于收复伊犁 。
时清廷派崇厚出使俄国谈判归还伊犁事，及《里瓦几亚条约》成，失地丧权，举国震怒 。
左宗棠愤然说：“武事不竞之秋，有割地求和者矣;兹一矢未闻加遗，乃遽议捐弃要地，餍其所欲，譬犹投犬以骨，骨尽而噬仍不止 。目前之患既然，异日之忧何极?此可为叹息痛恨者矣!”审时度势，他认为只靠外交必不能收回伊犁，应“先之口舌，继以兵戎，事无不济” 。
于是，在曾纪泽赴俄重开谈判时，左宗棠在新疆备战 。
光绪六年(1880年)春，左宗棠定出三路进兵伊犁之策 。
同年四月十八，左宗棠携棺木出关西征，以示与沙俄决一死战 。
甫抵哈密，左宗棠忽获廷旨，谕其立即回京，“以备朝廷顾问” 。左宗棠保荐刘锦棠继任督办新疆军务 。
次年正月，曾纪泽谈判后，签署《中俄改订条约》(即《中俄伊犁条约》)，中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土 。
左宗棠在新疆注意兴修水利、筑路、屯田、植树等等，建议以新疆建省，意义深远 。
收复新疆后，左宗棠曾专门到福建林则徐祠拜谒，在林公像前默默悼念 。
他写了幅对联：“三吴颂遗爱，鲸浪初平，治水行盐，如公皆不朽;卅载接音尘，鸿泥偶踏，湘间邗上，今我复重来 。”
壮志未酬身先死
1881年夏，左宗棠调任两江总督兼南洋通商大臣 。
1884年6月，左宗棠奉召入京，再任军机大臣 。时值中法战争，法国舰队在福州马尾发动突然袭击，福建水师全军覆灭，左宗棠奉命督办福建军务 。
光绪十一年(1885年)7月27日清晨，74岁的左宗棠停止了最后的呼吸 。这个拥有“二等恪靖侯、东阁大学士、太子太保、一等轻骑都尉、赏穿黄马褂、两江总督、南洋通商事务大臣”等七个头衔,风光了半生的男人终于退出了历史舞台 。
【左宗棠是如何收复新疆的?左宗棠收复新疆的基本史实】接到丧折后，慈禧太后下诏谕追赠左宗棠为太傅，恩谥“文襄”，赏治丧银三千两 。
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