许慎自己在《说文解字叙》里已经介绍秦书有八体，各种字体中同一个字也已经有了很多写法，汉字的字体和字形总数已经很多 ， 但《说文解字》每一个字原则上只选一个小篆作正字 ， 采用籀文和古文更少 。他选字的原则是要建构一个形义结合的汉字构形系统 。这个系统中的字，相互之间具有有序的关系 。这里仅举一例：《说文·羊部》：“羊，祥也 。”“美，甘也，从羊从大 。羊在六畜主给膳也 。美与善同意 。”《誩部》：“善，吉也 。从誩从羊 。此与義、美同意 。”（籀文从誩）《说文》：“義，己之威儀也，从我羊 。”这四条训释，虽然没有放在一起 ， 但“羊—美—善—義”从“羊”的理据是一致的，都是因为羊在古代专门作膳食来用，所以从“羊”的字有吉祥、美好之意 。“祥—膳—儀”是从“羊”之字再造的字，居于下一个层次，自然也间接与吉善之意相关 。这个例子告诉我们：字与字之间的构形和字理具有相互的关系 ， 字可以解字 。每个字处在和其他字的关系网中间，也就不能乱解释了 。假如有人说，“美”上面的两点是两朵花 ， 那些从“羊”之字都会证明这个讲解是错误的 。汉字作为书写汉语的符号，本来就具有这种系统性，但是书写是个人行为，表面看起来很纷乱 ， 如果没有人将这种系统描写出来，一般人是难以看到的 。许慎用20年时间博采通人 ， 将这种构形系统建构起来，使汉字的规律凸显出来 ， 在《说文解字》之后，汉字这种表意文字才能够理性的被理解、被考据、被用来解读文献，汉字学才成了一种科学 。
许慎将9575个汉字聚合在一起，采用了“建类一首”的办法 ， 创建了汉语独特的“部首” 。今天的部首，叫做“查检部首”，主要的功用是方便读者在大量的汉字中找出想要查到的那个字 。《说文解字》部首我们称之为“结构部首” ， 它的功用首先是把形与义都和部首有关的字类聚在部首之下 。哪个字放在哪个部首之下，是要从形义统一的角度来确定的 。以“水部”为例：“水部”是《说文解字》最大的一个部，共有464个条目 。部内按意义可分成以下8段，括弧内是这个小类所有的字数：部首（1） ， 河流名（146），水流声和水流貌（99），水域及泥、沙等与之相关的事物（29），与人生活有关的水利及人在水中的行为（41） ， 雨水及下雨的状态（17），地水状貌（33），饮水与用水以及人的体液（98） 。这里可以看做上古关于水的百科全书，而且条分缕析，整理得这样到位 。
正因为《说文解字》的部首是结构部首，反映了表意汉字因义构形的特点，所以它的归纳性要低于现代的那些查检部首，分得较细 。《康熙字典》的部首从《说文》的540部进一步概括为214部，《新华字典》再概括为201部 。这一方面说明了现代楷书和简化字由于书写的简化 ， 比起小篆来说，字理有所退化；另一方面也说明在今天，汉字表意特性和构形系统性的理念有所弱化 。举例来看《说文解字》的结构部首：
《说文解字》将、、（屮、艸、茻）分成三个部首，这三个字的形体是相互包含的 ， 如果只论形体，本来可以合并为一个 。但是这3个部件构造其他字的意图是不一样的：艸就是后来的艹（草字头），它表示草本植物的类别 ， 今天艹部的字，大都在这个部首下 。屮是半个艸，但它并不代表艸类，小篆的、、（屯、熏、每）都在这个部 。“屯”的本义是屯聚，像草苗、树苗初生时聚合力量冲破泥土拱出地面的样子 。“熏” ， 《说文》以“火烟上出”来训释 ， “每”《说文》以“草盛上出”来训释 。说明屮带给这些字的构意是向上冒出或生长 。而茻部只有、、（莫、莽、葬）三个字，“莫”是“暮”的古字 ， 太阳落在草丛中，说明天晚了 。“莽”像一只犬鲁莽地在草丛中奔跑，“葬”像将尸骨埋在草丛中 。从这三个字可以归纳出茻在造字时象征草丛、草原 。由此可以看出，三个部首的分立不仅仅根据的是字形，同时还要考虑字形中反映出的字理 。
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