因父母双方均死亡、失踪等原因不能确认亲子关系的，不签发《出生医学证明》 。
新生儿出生后原则上应在1个月以内按要求申领《出生医学证明》 。超过1个月时间未申领的，首次申领时签发机构需核验产妇病历或分娩记录 。超过1年时间未申领的还须提交有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明 。原助产机构撤并的，由原助产机构所在县（市、区）卫生健康行政部门或其委托管理机构办理《出生医学证明》 。
签发机构应当依照新生儿父母的有效身份证件录入其父母的信息 。新生儿母亲有效身份证件与住院分娩登记的信息不一致或居民身份证件无法核实身份信息的，由签发机构出具身份信息核查函（见附件13), 公安机关予以协助配合 。必要时提供具有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明 。
《出生医学证明》一经签发，签发机构对证件记载的信息原则上不做变更 。对申请人申报新生儿出生登记欲变更新生儿姓名的，由户口登记机关按照《出生医学证明》记载的“姓名”办理出生登记后再按照有关规定为其办理姓名变更手续，将《出生医学证明》记载的新生儿姓名登记为曾用名 。
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