从这些记载可以看出，建文帝已死的说法实在是值得怀疑的，不然，成祖朱棣又何必要这样兴师动众?历史学家孟森就对此提出了反问：如果建文帝真的烧死了，明成祖又何必“海内海外分途遍访”?
其实，我们可以想到，公开宣称建文帝已死是政治的需要，而暗中追寻他的下落，当然是为了防止他卷土重来争夺皇位 。
和《明太祖实录》《明成祖实录》不同，《明史·惠帝纪》的记载就显得模棱两可，甚至是自相矛盾的：“都城陷，宫中火起，帝不知所踪 。燕王遣中使出帝后于火中 。越八日壬申葬之 。或云：帝由地道出亡 。”既然“不知所踪”，又怎能“出帝后于火中”，就更加让人怀疑了 。显然，《明史》的作者自己也拿不准，所以又说“或云：帝由地道出亡” 。
在明代的一些文人笔记和野史杂录当中，认为建文帝逃亡的不在少数 。据著有《明通鉴》的夏燮考证，关于建文帝“逃亡为僧”的说法，明朝人的记载就有“数十百种之多” 。
张岱的《石匮书》对“建文出亡”这一说法持最为肯定的态度，他的主要依据是史彬仲的《致身录》和程济的《从亡随笔》 。史彬仲和程济据说都是建文帝出亡的随行人员，《致身录》里详细介绍了建文帝在危难时刻逃出皇宫的经过：建文帝得知南京城门失守的时候，准备自杀，翰林院编修程济劝他逃走 。少监王钺想起朱元璋临死的时候留下了东西，说有大难的时候就打开 。众人打开朱元璋留下的箱子，看到了三张度牒，还有袈裟、鞋帽和剃刀，而且指明了逃亡路线 。程济就替建文帝剃了头发，吴王教授杨应能和监察御史叶希贤也落了发，他们从鬼门乘船来到太平门堤边，共二十二人随建文帝一起出逃 。
这段颇具传奇色彩的情节是我们所熟知的 。《致身录》还用大量篇幅描述了建文帝的流亡生活，说他们在云南避难，东躲西藏，战战兢兢，直到得知成祖去世的消息，才放下心来 。
钱谦益和潘柽章都认为此书“浅陋不经”(潘柽章《国史考异》)，是“伪书”(钱谦益《致身录考》) 。但也有许多人持不同意见，陈继儒、文震孟、胡汝亨都曾为《致身录》作序，肯定了此书的价值 。
程济的《从亡随笔》，钱谦益也认为是“伪书”(《书致身录考后》) 。谷应泰在《明史纪事本末》里记述道：“(建文)帝命(程)济录述《从亡传》 。藏之山岩中，帝自为叙 。”可见，谷应泰是肯定这本书的，他的《明史纪事本末》也描述了建文帝出逃的过程，和《致身录》大致相同，而且，他还写到了建文帝的最后结局：到了正统(明英宗朱祁镇年号)五年(1440年)，建文帝年老思乡，就去官府说出了身份，朝廷就派了一个侍奉过建文帝的老太监来辨认，建文帝说出了当年的事情，老太监也认出了他脚上的黑痣，建文帝就被接到了宫中 。“帝既入宫，宫中人皆呼为老佛 。以寿终，葬西山，不封不树 。”陈建的《皇明资治通纪》以及邓元锡的《皇明书》所记建文帝之事都和上面所说大体一致 。
《致身录》和《从亡随笔》是否“伪书”，我们无法确定，但大部分史家和学者都支持“建文帝出亡”一说，这是可以肯定的 。而且，建文帝并没有自焚而死，而是出逃流亡的观念也早已被大部分人所接受，所以直到现在，许多地方的民间传说中都有建文帝的踪迹和故事 。
近年来，一些专家学者对此也有新的考证，比如在2009年，马渭源、潘群(南京大学教授)等明史专家在福建支提寺见到了一件明代的奇特袈裟，通过对这件袈裟的鉴定，结合“福建宁德上金贝古墓疑是建文帝陵寝”(福建省文物局发过考察通报，认为宁德上金贝古墓建造年代为元末明初，墓主为明初僧人沧海珠禅师，并非建文帝)等考古发现，他们认为：建文帝最终出亡到福建宁德了 。
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