但是长期以来，黄巢起义军有个缺陷，就是长期流动作战，没有稳固的根据地，就像狗熊掰棒子，掰一个丢一个，几十万人马进入长安以后，四周还是唐军势力 。没过多久，朝廷调集各路兵马，包括李克用率领的四万沙陀骑兵，合围长安 。黄巢派出大将朱温驻守同州(今陕西大荔)，但是关键时刻，朱温却投降了朝廷，坑了黄巢一把 。黄巢军大败，只好撤出长安 。
黄巢带领起义军一路撤退到河南，又遭到朱温、李克用的围剿 。公元884年，黄巢在攻打陈州(今河南淮阳)失败后，一路被唐军紧追，最后退到泰山狼虎谷 。见大势已去，黄巢毅然自刎，结束了他豪迈悲壮的一生 。黄巢侄子黄皓率领起义军残部逃到湖南湘阴一带，被当地土豪邓进思伏杀，唐末农民起义结束 。
但民间传说黄巢并没有死，而是出家当了僧人，还做过著名寺院的主持，临死时，指着脚下示人，有黄巢两字;也有人说五代的高僧翠微禅师，就是黄巢……传说就是百姓美好的愿望，就让这传说一直延续下去 。
【唐末起义军领袖王仙芝，王仙芝是怎么当上起义军首领？】黄巢起义虽然失败，但它沉重打击了唐王朝的黑暗统治 。公元907年，也就是黄巢起义失败后的第23年，黄巢的部将朱温篡唐自立，开启了五代乱世之幕 。
