朱翊钧的尸骨被安葬在明十三陵的定陵，在这座陵墓内埋葬着朱翊钧的尸骨，另外还有孝端和孝靖两位皇后的尸骨 。1958年，考古学家对定陵进行了挖掘，出现了让考古界惊喜，或者说震动的发掘发现，就是这次发掘使得一个天大的秘密被发现了，那就是帝王死后的“葬式”，即尸体在棺椁内摆放的姿态 。
当时，发掘人员小心打开棺椁后，现场专家大吃一惊 。因为人们看到朱翊钧的尸骨“葬式”并不是像很多人想象的那样，朱翊钧的尸骨被放置在一条锦被上，锦被两边上折，盖住尸体 。尸体头西脚东仰卧，肌肉已经腐烂，仅剩骨架 。面向上，头顶微向右偏，右臂向上弯曲，
手放在头右侧，左臂下垂，略向内弯，手放在腹部 。手中拿念珠一串 。右腿稍弯曲，左腿直伸，两脚向外撇开 。尸骨复原后的结论是：“朱翊钧生前体形上部为驼背 。从骨骼测量，头顶至左脚长1.64米 。”
可以说朱翊钧的尸骨的“葬式”揭开了帝王安葬的时候尸骨摆放的谜团，与人们的想象的仰卧平躺的“葬式”具有非常大的差距 。但是不幸的是朱翊钧的尸骨没有能够被很好的保存，1966年8月24日下午，大明神宗朱翊钧的尸骨被视为“地主阶级的总头目”砸烂、焚烧 。有一丝懈怠 。
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