李莲英看到这个情况跪下抱着光绪的腿，痛哭说：“奴才们罪该万死!”并且把自己的被褥抱过来让光绪使用 。光绪回到北京以后，回忆西逃的苦楚，就曾经说：“若无李谙达，我活不到今天 。”
据说，戊戌变法后，李莲英出言谨慎，没有鲜明地表态站在慈禧一边 。虽然没有让慈禧怀疑他的忠诚，但从此感情上有些疏远了 。
所以李莲英的墓志铭上写道：结束西逃回到北京后，李莲英“自思可告之无罪，已萌退志” 。光绪三十四年十月二十二日，慈禧死后，李莲英办理完慈禧的丧事，便悄然消失了 。对于他的下落至今仍然是一个谜 。
有人说他在慈禧太后死后，便向隆裕太后请求告老，回到慈禧生前赐给他的南花园过起了低调的生活 。他没有大兴土木，也没有过于招摇 。
只是悄悄地过继了几个侄子为自己的儿子，自己则整天像个花匠似的侍弄花草 。直到三年后得痢疾而死 。其间，甚至没有人知道他就是曾经在慈禧太后面前呼风唤雨的大太监李莲英 。
也有人说，李莲英是被隆裕太后处死的，他死后隆裕太后还把他的巨额财产充了公 。不过，朝廷杀李莲英应该是一件轰动一时的大事，不会没有文字的记载 。
还有人说李莲英死于仇敌 。尽管李莲英圆滑机警，却仍有大量仇家 。“权倾朝野”之人，肯定是踩着别人的尸体向上爬的 。仇家可能是革命党人，也可是宫中同道，亦可能是袁世凯授意之人 。
其实，最有可能杀他的人，则是光绪皇帝的弟弟醇亲王载沣，其时任监国摄政，权倾一时，他杀人的动机也是有的，因为有人说正是李莲英下手毒死了光绪皇帝，报哥哥被杀之仇，顺理成章 。
1966年，人们打开了李莲英的坟墓，在他的坟墓中有大量的珍宝，如像乒乓球一样大小的宝珠，金子做的烟碟以及数不清的珍珠、翡翠、玛瑙等宝物 。
不过令人吃惊的是，他的棺材里除一颗头颅和一条长辫子外，没有尸身 。从墓里的情况来看，李莲英似乎真的是被人杀了个身首异处而死的 。
不过也有人说，有些太监的墓里面都是只有一个头，这是因为那个时代的人都很迷信，以为自己的残缺之身，是有辱祖宗容颜的事情 。
【太监总管李莲英死后，为何只有脑袋下葬了？】死后也没脸去见自己的列祖列宗，于是死后只藏自己的头颅，而将身体舍弃 。李莲英死后是不是也是这种情况呢?至今没有人给出令人信服的回答 。
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