《三峡工程论争》称每年淤积上亿吨，但事实上在修建前重庆寸滩断面平均卵砾石来量22万吨，蓄水后反而减少到了年均只有4万吨，另外自2010年蓄水以来，三峡库区泥沙淤积为11.68亿吨，年均约1.46亿吨，仅为论证预测时的1/2，并且上游金沙江以及雅砻江、大渡河等主要支流的大型水电站建设后，淤积分摊，三峡库区会更加减缓 。
淤积影响通航就是一个笑话了，但库区蓄水后，部分河道确实形成新的障碍，比如原先高于水面的巨石成了暗礁，需要清理，但原来100多处险滩也被淹没消失，5000吨级单船和万吨级船队可以直达重庆港，成为了西南地区的重要入海口 。
3、洪涝灾害增加了吗？
可能有人认为三峡修建后就可以一劳永逸，但事实上完全不是，长江年径流量9600亿立方米，三峡库容393亿立方米，能提供310亿立方米防洪库容，看起来库容挺大，但其实长江汛期和枯水期相差很大，而且洪流时程表现为量大而峰平，蓄洪能抑低峰顶很少 。
什么意思呢？就是说三峡的库容并不足以完全削洪调蓄，主要还是中下游大堤配合，那就是说三峡在抗洪上没有实际意义？完全不能这样理解，比如长江最险的就是荆江段，因为出三峡后就是江汉平原，泥沙淤积成了地上河，大堤甚至高于地面6~10米，一旦决堤后果不堪设想 。
鸟瞰荆江大堤沙市段，不远处是昔日著名的险段、如今的景点—观音矶
1998年的洪峰最大流量也就6.33万立方米/秒，不到二十年一遇，荆江大堤当年是按40年一遇设计的，但由于1998年南方暖湿气流和北方冷高压反复拉锯，在长江流域反复降水，持续的洪峰让大堤上干堤出现了9000多处险情 。
三峡大坝建成后在洪峰到来之前腾出库容，避免最高洪峰流量直接冲击下游，在总流量不减的情况下降低最大流量，确保在下游大堤安全范围之内 。比如2010年和2012年都有超过7万立方米/秒的流量，但都安然度过 。
而三峡大坝的能力上文也说明了，它可以减缓却无法避免，我们也不可能指望一个三峡就把事情全部搞定，水坝设计是一个多个利害关系中取中的妥协行为，不可能无限加高水坝，也许超出地壳承受极限，后果更加严重 。
【三峡大坝的寿命究竟有多久？ 三峡水利工程】至于其它隐患，比如蓄水型地震以及排放甲烷等问题，但水电绿色能源，每年的1000亿千瓦时相当于燃烧3190万吨标煤的发电量，直接减排二氧化碳8580万吨/年，这个可比这些有的没有的要有意义得多 。
最后一个比较关注的生态问题倒真的存在，三峡大坝难以设计鱼梯，因此鱼类洄游确实遭遇了障碍，比如中华鲟的会有产卵地中长江中游到上游以及金沙江等支流，三峡大坝建成后曾在坝址下方形成新的产卵地，但没有持续成型，不过现在已经有人工繁殖的中华鲟作为补充，而这也是个案，其他鱼类洄游也会存在问题 。
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