引物探针问题 怎样消除引物二聚体( 二 )


引物浓度也可影响其稳定性 。建议引物的储存浓度不低于 10 M;实际上,在大多数情况下,100 M 的引物浓度操作更简单 。引物和探针还应分装保存,以减少冻融次数,特别是标记的引物和探针 。最后,TE 缓冲液可形成比水更为稳定的环境 。此外,含有 0.1 mM EDTA 的 TE 缓冲液(标准 TE 中含有 1 mM EDTA)是一种理想的溶液,这是由于一些 PCR 反应对 EDTA 的灵敏度可能有一些残存 。
NTC 扩增当引物二聚体形成时,如果使用与 DNA 双链结合的染料,在 NTC 反应中也可观察到荧光信号 。也存在另一种情况,在存在污染物的情况下,无论是基于探针还是双链 DNA 结合染料的反应,引物二聚体的扩增也会在 NTC 孔中被观察到 。这可能是一种随机事件,并不是所有 NTC 都会出现扩增,通常是由不常见的加样错误引起 。如果在每一个 NTC 反应里都出现扩增,很可能是其中一种或两种试剂被污染了 。
Q:如何防止或去除污染?
1.使用干净的工作台,用带核酸降解试剂的的溶液擦抹工作台面 。
2.用带 dUTP 和 UDG 的反应预混液降解来自前序 PCR 反应的产物,防止前序 PCR 反应的污染 。
3.用新的反应管尽量通过置换不同来源的试剂,发现出现问题的试剂 。
4.在条件允许的情况下,在不同的实验地点建立反应,尤其是当应用质粒作为对照时(质粒可以被很容易扩散并且难以去掉) 。
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