尽管如此 ， 盟军成功地在恶魔岛破坏了心灵控制器 。因为这次时间旅行 ， 苏军和尤里的计划被打乱 。被炸死的卡维利将军安全无恙的存在 。指挥官被派往被尤里控制的洛杉矶 。盟军情报显示尤里不仅心灵控制了大部分市民 ， 而且建造了几座部队回收厂 ， 这种装置可以破坏一切物品 ， 并转化为原料 ， 以变成尤里的战争资金 。其后 ， 城市里的部队回收厂和其余的尤里军队都被击破 ， 洛杉矶被解放了 。
损失惨重的尤里被迫在西雅图寻找新的收入来源 ， 他以核武器将西雅图夷为平地作要胁 ， 强迫巨软公司及其CEO宾尔（映射比尔·盖茨和微软公司）提供资金和研发基因软件 。在接受宾尔的请求以后 ， 卡维利将军命令指挥官解放西雅图 。盟军迅速毁坏了该处的核弹发射井 ， 解放了西雅图 。巨软公司的CEO其后捐赠了一笔资金 ， 对盟军的努力作为感谢 。
解放了西雅图后 ， 尤里俘获了爱因斯坦教授 ， 迫令他在埃及大金字塔附近的尤里基地对心灵控制器进行改进 。指挥官迅速前往埃及解救了爱因斯坦 ， 并毁坏尤里的心灵控制器和基地 。（如果只解救爱因斯坦没有摧毁心灵控制器 ， 爱因斯坦通报他入侵了心灵控制器 ， 只能使用一次之后过一段时间会自动炸毁）尤里其后计划绑架世界主要国家的领导人和用对尤里忠诚的克隆人替换他们 。
卡维利将军命令指挥官去澳大利亚悉尼 ， 毁坏了尤里的克隆设施和军队 。如同原来的时间线一样 ， 苏联被盟军击败了 ， 并且尤里的军队开始后退 。在希望尽快结束战争的情况下 ， 盟军和苏联开始合作对抗尤里 。双方在一个机密地点开始和平谈判 ， 条约必须由双方批准和签字 。但是当通知指挥官时 ， 伊娃?李被尤里心灵控制并且告诉尤里和平会议的地点是英国伦敦国会大厦 。
卡维利将军要指挥官不惜一切代价保卫国会大厦 。条约最终签了字 ， 并且增援的苏军加入战斗 ， 尤里在伦敦的基地被夷平 。原本伊娃少尉将情报泄漏之后向指挥官道歉并打算辞职 ， 但卡维利将军立即阻止并答应原谅请她留下来 。同时 ， 盟军情报确定尤里在南极拥有最后一个心灵控制器和一个巨型的基地 ， 他计划使用这基地展开他最后的攻击 。
盟军空降了一队工程师到火地岛的修理一个废弃的苏联前哨基地 。基地在建立苏联雷达后 ， 盟军总部其后使用超时空传送仪 ， 传送一小队盟军部队到南极 。在南极火速建立了一个盟军基地 ， 并且完全歼灭尤里的巨型基地和心灵控制器 。最后 ， 盟军俘虏了尤里 ， 将他关进爱因斯坦设计的心灵隔离室（Psychic Isolation Chamber） 。
突然时空副作用出现引起时间线融合 ， 回到剧情从一次白宫的简报会开始 ， 原本要发布尤里的恐怖计划变成了卡维利将军安然无恙的画面 ， 而谭雅再庆功宴前打扮了一番 ， 得意地问指挥官的感觉 。随后伊娃少尉出现 ， 谭雅自觉打扮得不如伊娃漂亮 ， 于是打算找爱因斯坦博士借用时间机器“再来一次”（后来知晓会有副作用就没打算使用了） 。
红色警戒3剧情接续红色警戒2 ， 与红色警戒2：尤里的复仇互为平行时空 ， 由于罗曼诺夫总理被盟军逮捕 ， 苏联即将面临溃败亡国的危机 ， 但在这时候苏联的科学家泽林斯基成功研发时间机器 ， 于是苏联领导人用时光机回到1927年 ， 在布鲁塞尔国际物理会议时把爱因斯坦从时间中消去 ， 盟军就这样失去了例如光棱科技、天气控制机等的科技优势（没有爱因斯坦的理论质能等价便没有原子弹） ， 苏联成功扭转局势 ， 避免了崩溃 ， 甚至当苏联领导人回到正常的时间时 ， 苏联 ， 已经快要征服整个欧洲了 。
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