一、中枢神经系统MRI在神经系统的应用是比较成熟的，尤其是在脑干、幕下区、枕骨大孔区、脊髓与椎间盘的显示都要明显优于CT检查 。（如图：脊髓MRI影像，清晰度优于CT）二、头颈部位由于MRI是一种多参数、多方位成像技术，因此它对于软组织病变的显示要明显优于其他影响学检查，适合诊断头颈部肿瘤性病变，炎症性病变、神经的改变等，特别是病变侵犯颅内的情况、内耳道的微小听神经瘤和内耳畸形、较小的甲状旁腺肿瘤等显示方面优于CT 。
（如图：听神经瘤，左侧桥小脑角区可见圆形占位病变（箭头））三、呼吸系统MRI通常作为胸片检查的补充，尤其是在鉴别胸内还是胸外病变、纵隔内还是纵隔外病变、纵隔肿块是血管性还是非血管性、纵隔肿瘤的侵袭性判断以及神经源性的诊断和分期等方面都要优于CT 。（如图：MRI胸部冠状位像）四、循环系统MRI在心肌病，尤其是原发性心肌病；房间隔缺损、室间隔缺损等先天性心脏病；主动脉夹层等循环系统还是有很重要的诊断价值的；但注意：安装心脏起搏器的病人是不能做MRI检查的 。
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