扎萨克是蒙古语的执政者，或者执政官，也就是掌握实权的部落领袖 。康熙第一次同喀尔喀领袖见面（当时准噶尔还没有进攻），就封了喀尔喀35位扎萨克，让他们统领自己的部落，为满清效忠 。扎萨克的地位特殊，是满清正式承认并且封的官职，属于满清官僚体系的一部分 。康熙想通过这种方法，暂时将外蒙古喀尔喀的部落领袖纳入自己的麾下，将来再进行分化瓦解 。
对于喀尔喀领袖们来说，他们完全掌握部落的军政实权，加上一个扎萨克的头衔只有好处，没有坏处，当然不会拒绝 。到喀尔喀被准噶尔打的领土沦陷，逃走向康熙求救，情况就不同了 。但康熙并没有借此瓦解喀尔喀，反而仍然保持扎萨克制度，这显然是一个昏招 。后来满清大体是使用这套制度管理外蒙古喀尔喀 。首先是行政上的盟旗制度 。
他们将喀尔喀的大部落编为旗，每个旗设有旗主，旗之上是盟，设有盟主，几个旗变为一个盟 。盟旗制度最大程度上维持了蒙古人的传统，没有拆分他们的部落，是蒙古人可以接受的制度 。旗主一般就是这个部落的领袖，基本都是世袭的 。外蒙古喀尔喀大约有80个旗，旗主数量不少 。盟主则是各旗主选举而成，没有世袭一说，但一般是终审制度 。
盟主主要负责协调各旗的矛盾，是和事老的作用，一般选举德高望重的老贵族担任 。需要说明的是，盟主不得随意干涉各旗的内部事务，所以权力有限 。盟主一度拥有各旗的司法审判权，但也需要秉公执法，实际上还是没有什么权力 。至于旗主一般是清朝封的扎萨克，具有行政和军事大权 。原则上旗主受到满清的理藩院和定边将军管辖，实际上管辖基本不存在，他们完全自治 。
盟旗制度对于管理外蒙古有一些用处，主要规定了各旗的地盘，不允许他们随便越境，避免了旗主互相兼并壮大实力，最终武力反抗满清 。旗主自己的部落实力有限，单独是难以反清的，盟旗制度是分化喀尔喀的手段 。可以说，盟旗制度在清朝初期甚至中期还是凑合的，但随着对喀尔喀控制增强，就应该考虑改土归流，逐步夺取旗主的实权 。
实际上，满清直到崩溃也没有做到这点 。这是非常错误的政策，最直接的后果是，外蒙古喀尔喀其实随时可以脱离中国的控制，因为他们的军政都是自治的，尤其拥有自己的一二万军队 。到了清末，随着满清国力下降，对于外蒙古喀尔喀四部控制力也减弱 。而外蒙古还有一个宗教领袖哲布尊丹巴，可以联合外蒙古各部领袖，实际上已经借助沙俄实现了独立 。
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