1、层高低 。普通商品房层高在2.8-3米之间，复式房子是把总层高4-5米的房子中间做了一个隔断，隔成了两个相对独立的空间，抛去隔层的厚度后，其实上下两层的层高都很低，居住起来很压抑、拥挤 。而且受户型格局的限制，有部分功能区长期照不到太阳，甚至白天都需要开灯 。
2、房屋单价高 。复式房的单价远高于平层，而且复式由于增加了楼梯的设计，实际还会浪费掉很大一部分面积，计算下来复式的价格不比平层便宜多少 。另外复式房大多是商住公寓性质的，物业水电的收费标准是住宅的两倍 。
3、装修难度大 。毛坯复式房需要自己做隔断，隔断后单层层高低、面积小，工人要在本就不合理的空间内装修、改造，工程量大施工难度高，装修的成本自然会上升 。
4、存在安全隐患 。一方面复式房的隔断材料存在隐患，如果质量不过关可能会引起断裂的风险;另一方面复式房肯定会有楼梯的设计，如果楼梯设计过窄，虽然节省了房屋面积，但是会给使用者造成安全隐患 。
5、房屋产权年限短 。复式房一般是商住房，房屋产权年限仅有40年 。
复式房的缺点1、自然通风采光或较差
这个缺点主要体现在小型复式公寓 。由于空间有限，复式住宅进深大、宽窄小，如果朝向不好通风和采光会不太好 。这个在购买公寓的时候一定要实地查看方位 。
2、层高的限制
【为什么不建议买复式房子】部分复式住宅不是真正意义上的“两层楼” 。所以，在将空间分割成上下两层后必然会使这两层在层高上受到一些影响 。虽然动静分开了、储物空间也大了，但是这些是以牺牲层高为代价的 。尤其现在流行的复式公寓应当注意这点，有些人感觉上层居住太压抑应当慎重购买 。
普通住宅目前层高为2.8米左右，目前有些公寓层高能做到5米，但是通常公寓层高为4.5米，上层略微有点压抑 。所以要根据实际项目户型来看具体情况 。
3、楼梯间占空间，上下楼不方便 。
楼梯间可能会占掉10-15平方，当然平层设计不好的也存在过道占空间的问题，相对来说复式浪费的更多一些 。而且会有些人觉得上下楼梯不方便，尤其老人和小孩 。
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