后冉闵篡夺皇位建立冉魏，玉玺又落入冉魏手中，后冉魏向东晋求援，传国玉玺被东晋将领骗走，连夜以三百精兵护送至建康，传国玉玺重回司马氏手中，此后随着王朝更迭，“传国玉玺”先后流传于宋、齐、梁、陈，隋灭南陈之后，传国玉玺又落入杨坚手中 。大业十四年（618年）三月，隋炀帝杨广于“江都兵变”中被杀，萧皇后携隋炀帝孙杨政道及传国玺遁入漠北突厥 。
直到贞观四年（630年），李靖率军讨伐突厥，萧皇后与隋炀帝孙杨政道背突厥而返归中原，传国玉玺这才重新返回中原，落入李唐手中 。唐末天下大乱，朱温于天祐四年（907年）废唐哀帝，夺传国玉玺，建立后梁 。十六年后，李存勖攻灭后梁，传国玉玺转归后唐 。后唐清泰三年（936年）闰十一月二十六日，河东节度使石敬瑭联合契丹兵临城下，李从珂见大势已去，于是带着传国玉玺与曹太后、刘皇后以及儿子李重美等人登上玄武楼，自焚而死，后唐遂亡，而“传国玉玺”也就此下落不明 。
此后“传国玉玺”虽多次现身，但均极为蹊跷由于后唐末帝李从珂的纵身一跳，传承长达一千余年的“传国玉玺”就此失踪，此后虽然时有“传国玉玺”离奇出现，但出现的均极为蹊跷，往往带有极强的政治目的，因而饱受质疑 。1、宋哲宗时被农民发现 。就在距离传国玉玺失踪长达一个半世纪以后，北宋哲宗时期，“传国玉玺”竟然再度出现 。
按照记载，当时有一个名叫段义的农民在耕田时无意发现传国玉玺，于是将其送至朝廷 。后经十三位大学士依据前朝记载多方考证，认定这个玉玺就是始皇帝制造的那一方 。不过，这个说法却遭到了朝野大量有识之士的质疑，而这方“玉玺”也最终于北宋末年的“靖康之难”中，与徽钦二宗一起被金国掳走 。2、元朝时突然现身大都 。元朝至元三十一年（1294年），元世祖忽必烈驾崩，而“传国玉玺”则在这个时候突然出现在大都，而且叫卖于市，最后被权相伯颜命人购得 。
不过，忽必烈去世之后，元朝出现了皇位争夺事件，伯颜此举或许有借“玉玺”稳定局势的嫌疑 。蹊跷的是，伯颜后来又将收缴的各国历代印玺统统磨平，分发给了王公大臣们刻制私人印章，而此后再无关于“传国玉玺”的可靠消息，因而有人推断即使传国玉玺真的出现，也极可能毁于伯颜之手 。3、清初蹊跷现身内蒙古 。后金天聪九年（明崇祯八年，1635年）四月，皇太极彻底攻灭漠南蒙古，林丹汗之子额哲与母亲献“传国玉玺”出降，不过根据史料记载，这方玉玺上篆刻的却是“制诰之宝”四个字，显然与史料记载的不符，因此普遍认为这方玉玺并不是秦始皇的那方“传国玉玺”，而乾隆皇帝更是亲自考证，钦定其为赝品 。
这三次传国玉玺的出现，除了宋哲宗那次之外，后两次显然具有极强的政治目的，因此这三次发现的传国玉玺，是否是秦始皇时的那方，目前仍然存疑 。皇帝宝玺接连出现，使得传国玉玺意义被淡化由于传国玉玺的丢失，以至于很多皇帝都曾重新制造各种玉玺，从而使得传国玉玺的正统意义被持续淡化，尤其是在北宋以后，这种象征意义彻底被淡化 。
唐初，由于传国玉玺流落于突厥，太宗李世民于是命人刻了数方“受命宝”、“定命宝”等玉玺 。后晋天福三年（938年）七月，石敬瑭又下令造受命宝，以“受天明命，惟德允昌”为文 。后周广顺三年（953年）二月，郭威因无法找到传国玉玺，于是又下令造宝玺两方，一方以“皇帝承天受命之宝”为文，另一方以“皇帝神宝”为文 。
宋仁宗庆历八年（1048年）十一月，又下令制作"皇帝钦崇国祀之宝" 。而到了北宋末年，宋徽宗更是直接下令增刻印玺十方，虽然有人认为这是画蛇添足，但宋徽宗此举无疑有淡化传国玉玺地位的深意在内，而这也从侧面说明宋哲宗那方印玺，极有可能是假的 。到了明清两朝，经过历朝历代的努力，“传国玉玺”地位已经下降到了极点，虽然仍时有“传国玉玺”的消息出现，但大多已经被证伪，且除了明太祖朱元璋之外，其余皇帝对此已经不太重视，例如明弘治十三年(公元1500年)，有一名陕西人得到一块玉印，据称为传国玺，呈献明孝宗，但明孝宗对此深表怀疑，没有采用 。
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