待将分娩李沧海只得投奔唯一的亲戚姑苏王家 。昔日的李青萝现如今的王夫人自是欣然接纳，王夫人的丈夫王老先生更是一位通情达理之人，时时照拂李沧海并收其遗腹子为义子 。王老先生的身份却让人始料未及 。直到一年后王老先生因病去世，人们才得知他居然是化名隐居于此的旷世武学大师黄裳 。黄裳，字晟仲，人称演山先生，福建延平人，本是一位状元出身的文官，因给徽宗皇帝编撰《万寿道藏》经而悟出震古烁今的绝世武学《九阴真经》 。
黄裳任职福州知府期间，奉命剿灭了起义造反的明教，因此树敌无数 。为躲避仇敌追杀改名换姓隐居于姑苏桃花山庄，并迎娶了李青萝，生下女儿王语嫣 。黄裳本是好书之人，在其名为“琅嬛福地”的书房中，不仅珍藏了诸子百家全书，更有天下武学秘籍 。女儿王语嫣虽不喜习武，但常去书房熟读各派武学秘笈，最后竟能看出各家武功招式 。
李沧海为感念黄裳照拂收留之恩，又不知无崖子所姓，于是给孩子起名黄固，取意固本思源，为人子者，当思木本水源 。此后数年间，黄固不仅勤于请教王语嫣，更沉浸于琅嬛福地，修儒学之道，悟道家武学，尽得黄裳隐逸之学，上通天文，下通地理，五行八卦、奇门遁甲、琴棋书画，甚至农田水利、经济兵略等亦无一不晓，无一不精 。待到黄固十一二时，仰慕唐初卫国景武公李靖李药师，才兼文武，出将入相，更被其所著的李卫公兵法所折服，遂自作主张将其名改为药师 。
同年，当初厌烦丁春秋独自跑到西夏当上皇后的李秋水，与争风吃醋的天山童姥在冰窖内斗得同归于尽，以至王夫人将其母之死归咎于无崖子，遂整日指桑骂槐骂尽天下负心之人，更是迁怒到李沧海孤儿寡母身上 。尚未成年的黄药师尝尽人间酸楚、世态炎凉，寄人篱下的感觉让黄药师渐渐养成了离经叛道，性情孤僻，行动怪异，愤世嫉俗偏激邪傲的性格 。
【古剑仙缘又叫什么,剧情现先行《古剑仙缘》主线任务剧透】数年后，王夫人为博大理镇南王段正淳的欢心，把桃花山庄的桃树悉数砍伐殆尽，改种山茶，并将山庄改名为曼陀山庄 。这时，李沧海已经知道山庄再无娘俩容身之地，于是带着黄药师离开了曼陀山庄，流落于江湖，途径少林寺时，巧遇到虚竹以"生死符"降服，而后被送入少林寺戒律院感化的丁春秋 。此时的丁春秋历经万般红尘劫，已然幡然悔悟，为赎当年离经叛道、弑杀师父之罪，遂收黄药师为徒 。
丁春秋虽然武功已废，却将自己研制的独门解毒养生秘药九花玉露丸传于了黄药师 。这年，大理皇帝段誉广发英雄帖，于大理无量山比武招徒 。刚及弱冠的黄药师与母亲李沧海毅然南下，黄药师更是在武林大会上力拔头筹，一举成名，因其武功飘逸，性格离经叛道，狂傲不羁，而被天下人称其为东邪 。此时，苦苦相思半载的段誉终于见到了神仙姐姐的真身，了却了半生的夙愿，并将自己武学倾囊相授于黄药师，自此再无俗意，欣然出家，直至高寿而终 。
年迈的李沧海再游无量山，睹物思情，开始怀念昔日与无崖子花前赋诗，月下对剑的桃花谷 。黄药师为解母亲心结，踏遍三山五岳，历览九州四海，历经一年有余，终于在东海之滨找到了东汉飞升仙人安期生醉酒墨泼的桃花岛 。桃花岛上，李沧海潜心修行，终于看破红尘，遁入空门，并自号南海神尼 。每16年，南海神尼必会沿海而下，广行善心善德，直至寿终正寝 。
后来黄药师常和黄蓉谈起南海神尼之事，黄蓉常以为是父亲杜撰之事，岂不知南海神尼竟是自己的亲外婆 。这时，忽闻九阴真经重现江湖，黄药师有感义父之恩，遂出岛去寻，竟意外得知虚竹的妻子竟是李秋水的孙女，西夏公主李清露 。黄药师跋涉万里，来到西夏，想见李清露一面 。殊不知，待到黄药师赶到，西夏朝堂内乱，虚竹夫妇不幸亡于朝堂血洗之中 。
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