这两个岗位没有可比性 。非要做出选择，也得看是什么样的小学以及哪一层次什么部门的科长 。假设都是一个层级的单位，比如城区 。那么城区部门的科长其实是一个股级干部，也就是科员，而小学作为城区教育管理的事业单位，机构规格与城区教育局内设股室相当，一般也是科员级别 。同样的级别，校长和普通机关中层相比，个人认为选小学校长或许更好 。
理由有三：第一，待遇更好 。小学校长级别虽然和部门科长相当，但是校长是事业编，允许一肩挑，从事管理工作套职称待遇 。小学校长作为一校领导，学校的成绩即他的业绩，在评聘职称上本身有优势，因此不出意外一般都能拿到高级职称 。高级职称相当于行政处级待遇，这意味着小学校长有很大概率拿到处级工资 。而机关部门中层别说上处级，就是一个副科都要使上九牛二虎之力，还不一定拿得到 。
两相比较，待遇孰好孰差一目了然，哪怕公务员有车补和绩效待遇优势 。第二，社会地位更高 。事业编之于公务员，社会普遍更认可后者，尤其是有一定职务和级别的公务员 。而如果后者只是基层人员，事业编反而有一定职务，认可度可能又会倒过来 。比如小学校长，可能就比同级机关部门的一般干部更吃香，毕竟小学校长管着好几百甚至上千学生，每个学生背后代表着一个家庭，由此聚集的庞大资源是校长取之不尽用之不竭的财富 。
资源调度得好，一个小学校长特别是重点小学的校长作用和影响力甚至可以比肩一个局长，根本不是一个普通公务员所能比 。俗话说，宁为鸡头不做凤尾，单从社会地位来看，小学校长也比一个所谓的科长更有优势 。第三，职业前景更广 。小学校长级别不高，可好歹是个领导，干得好被上级领导看中，随时可能提拔副科进入行政机关任职担任领导职务，而且职位不仅限于教育系统 。
教而优则仕，在现实中已有不少案例 。哪怕不进机关，正如前面说的，校长也可以通过评聘高级职称解决待遇问题 。相对城区部门公务员，校长在职业上横向纵向的选择更多也更广 。综上，我的倾向是选小学校长 。城区公务员看着光鲜，其实要权没权、要钱没钱，还看不到希望，没多大意思 。因此与其在机关里那么窝着，还不如干点像小学校长这样有意义有实惠的工作 。
公办小学学校到底是属于校长一个人的，还是属于全体老师和学生的？
这个问题提得太好了 。按道理，公办学校当然是政府办的，是公有性质的事业单位 。学校是教书育人、培养人才、增长知识的地方，学生是学校的主体 。学校的主要工作是搞好教育教学，提高教育教学质量，提高学生的学习成绩，让孩子们增长知识，成为对国家、社会有用的人才 。但是，现实中，我们的公办学校的性质已经有一些走样了 。更像是校长家私人办的学校 。
公办学校名义上、名称上是公立学校，但实际上是校长个人的私人学校 。为何这样说呢？事实是最好的答案 。a、学校的一切权力、权利属于校长 。学校的一切事务校长一个人说了算；权力缺少必要的监督、制约 。这样一来，学校的一切利益，好处，校长通吃 。b、中小学学校的校长职位，成为很多人梦寐以求的职位，一些人不惜花重金买校长职位，就是普通人，也能知道其中的奥妙 。
c、这些中小学校长，不带课，不带班，整天还忙得不知东西 。忙着校园美化，忙着学校的工程，忙着采购，忙着高级职称，忙着评优，忙着这个能手，忙着哪个能手，忙着住得好，吃得好，喝得好，忙着……d、这些校长，从来不关心学校、学生，不关心教育教学 。e、学校就是校长的私人领地、自留地 。f、学校校长傲慢、贪婪、霸道、无耻 。
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