孔子鸟是所有中生代鸟类中最丰富、最著名的鸟类之一 。
孔子鸟目前已经全部灭绝，在中国博物馆里有1000多个精美的标本，提供了有关其解剖学、羽毛和生活方式的重要信息，它们是有喙无齿鸟类的最早记录，决定了现生鸟类的进化方向 。
第一只”无齿鸟”
所有的现生鸟类都”继承”了孔子鸟没有牙齿的特点，这一特点成为现生鸟类的一个共有特性 。
最初食种子的古代鸟类用它们强有力的喙来打开种子壳，它们吞食种子的柔软部分或胚乳 。它们的消化道大大扩展，成为一个嗉囊来储存大量运送中的食物，种子在这里会被软化，然后进入专门的胃或砂囊 。
孔子鸟的颅骨没有牙齿，但角质鞘的痕迹保留了下来 。角质喙延伸到骨核之前，长而尖的喙向上弯曲 。
外鼻孔类似三角形，以前颌骨和上颌骨为界，已从喙尖向后移位 。在颅骨顶部，联合的前颌骨向后延伸的幅度相当大，已与前额接触，没有现代鸟类所有的鼻翼，但促动铰链没有发育 。额部膨胀，显示出大脑叶的扩张 。
从侧面看，上颌骨的鼻突含有一个小的副鼻孔，就像一些僵尾龙类一样，在它的后面，眶前孔大大缩小为一条狭缝 。它们眼眶很大，被巩膜保护着 。同时保留了完整的双孔，有结实的眶后骨，从而禁止了链式运动和颅骨运动 。
进化的里程碑
孔子鸟的体型并不大，根据骨骼化石推断，它们的体型大概和现生的乌鸦差不多，它们翅膀展开后能达到0.7m，体重估计可达1.5kg 。
因其具有反向的后趾、强有力的后弯爪，短附骨和细长的尾羽，孔子鸟可能是一种树栖鸟类，用它带有大爪子且适于攀登的手部来攀爬树 。
除此之外还有一种假说认为孔子鸟可能成群结队地生活在淡水湖边，在游泳时用柔软的喙捕捉鱼类和水生动物 。最近在一些孔子鸟化石样本的胃内积物中发现了残留的鱼，这表明孔子鸟像它的祖先一样，可能是一种肉食动物 。
牙齿的脱落和角质的出现是鸟类进化史上的里程碑，这些早期鸟类可能先吞食食物，然后将咀嚼过程主要转移到它们的砂囊中 。
像现代鸟类一样，孔子鸟的骨架显示出廓羽的美丽印痕，显示了叶片结构的细节，包括羽轴、羽枝和羽小枝 。在孔子鸟标本中似乎有性别二态性，它们的尾羽印痕可以反映出这一点 。
雄性和雌性个体经常被发现一起保存在一个层面中，雄性鸟类可能会有一对长长的带状尾羽，这块尾羽比身体其他部分的全长还要长 。
雄性孔子鸟将其用于求偶，雌性身上则没有这些尾羽，这一点也和现生鸟类的形态以及生活习性类似 。
笨拙的飞行者
从最初恐龙到鸟类过度，鸟类就逐渐开始征服天空，最初的时候它们可以短暂的滑翔，腿部以及爪子上都带有大片的羽毛 。
孔子鸟在进化的时候与原始鸟类完全不同，它们失去了腿上和脚上的大片羽毛，成了单翼飞行者，而前肢是唯一的升力面 。尽管已形成了尾综骨，孔子鸟的飞行能力仍然较低，其飞行器官的原始结构就反映出了这一点 。
肩胛乌喙骨像非鸟类兽脚亚目的一样愈合了，不像现代鸟类那样灵活 。喙突短，没有可以抬起翅膀的上喙突滑轮 。关节盂面朝向侧面而不是向上，这意味着正常的上行冲程对孔子鸟来说是困难的 。
孔子鸟的胸骨是平的，这表明飞行肌肉虚弱无力 。在现代鸟类中，胸骨中深深的龙骨突承载着强大的飞行肌肉 。
虽然孔子鸟的初级飞羽像飞行鸟类一样，都是高度不对称的，但这些羽毛的叶片很窄，横截面上的中心羽轴太窄、太弱，无法承受下行冲程的压力 。
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