连锁店是统一配货的，旗舰店是官方的龙头店面 。
连锁：统一采购，统一配送、统一标识、统一营销策略、统一价格、统一核算加盟：有一家总部，提供货源 。更新产品适应市场、提供指导和帮助 。
旗舰店首先要搞清楚“旗舰”的含义 。旗舰是一些国家的海军舰队司令、编队司令所驻的军舰，因舰上挂有司令旗，故叫“旗舰” 。
旗舰店是竞争加剧的市场经济时代的产物，对促进连锁经营、树立品牌形象均大有益处，而且也是企业拓展市场份额的有效手段 。
旗舰的英文翻译是ultimate,即终极的,根本的,极限的,最后的 。在当今日趋激烈的竞争环境里，市场机会对于小资本的独立创业者来说已是越来越少 。
一、旗舰店、专卖店、直营店有3点不同：
1、三者的意义不同：
（1）旗舰店的意义：旗舰店不仅仅是一个概念、一个品牌、一种哲学、一套生活方式，旗舰店也应该是形象的旗舰店，用来更好地展示企业品牌形象；还应该是销售的旗舰店，要有好的销售业绩 。
总之，旗舰店是企业顺应商业发展需要和参与市场竞争的必然产物 ， 是品牌竞争的有力手段，对企业本身有重大意义，对行业发展也能起到绝佳的示范作用 。
（2）专卖店的意义：专卖店是公司品牌、形象、文化的窗口 ， 有利于公司品牌的进一步提升；能有效贯彻和执行公司文化及活动方针，有效提高集团的执行力 ， 突破现代企业所普遍面临的管理瓶颈；销售、服务一体化，可创造稳定的忠诚的公司顾客消费群体 。
易于及时向终端经销商和消费者提供公司的产品信息，同时易于收集市场和渠道信息；消费者到专卖店选购产品时，公司有百分之百的销售机会（店内无其他品牌） ， 大大增加了公司产品的成交率 。
（3）直营店的意义：直营专卖店是公司建立企业形象、品牌形象的有利场所，是直接的利润与信息来源，是与消费者沟通的平台，是全国专卖店的样板，也是员工培训的基地 。
2、三者的性质不同：
（1）旗舰店的性质：某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店 。
（2）专卖店的性质：专门经营或授权经营某一主要品牌商品为主的零售业形态 。
（3）直营店的性质：由公司总部直接经营、投资、管理各个零售点的经营形态 。
3、三者的设立注意事项不同：
（1）旗舰店的设立注意事项：旗舰店选址要考虑商圈，即要注意商圈及周边的人口密度 。实例显示要考虑核心商圈自周边一公里范围内居住的人口数量及购买水平并辐射到3~5公里范围内居住的人口数量及购买水平 。
旗舰店周边有发达便利的公共交通，最好靠近快速交通，交通便利、快速交通和私家车发达地区的人口范围还可扩大到10~15公里内 。旗舰店选址也须与所在城市发展规划相衔接，只有这样才能在规划发展区域内形成新的人口导入区也就是形成该地区潜在的商机 。
（2）专卖店的设立注意事项：专卖店一般选址于繁华商业区、商店街或百货店、购物中心内；营业面积根据经营商品的特点而定；以著名品牌、大众品牌为主；销售体现量小、质优、高毛利；采取定价销售和开架面售；注重品牌名声、从业人员必须具备丰富的专业知识 ， 并提供专业知识性服务 。
（3）直营店的设立注意事项：直营店的设立需要考虑的一个重要因素就是网点覆盖密集度，太少根本不能构成销售战车，太多又需要考虑初期投入成本 。在直营店与代理渠道商共存的时候，若直营店的布局以及价格不能跟上，那也就真的成了“东市买骏马，西市买鞍鞯，南市买辔头，北市买长鞭”,直营店最终只能沦为一个摆设 。
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