物种消失
专家一致认为 ， 乾隆元年时期 ， 移民开发把耕地范围扩张到了山地、丘陵 ， 这是农田垦殖突破传统范围的标志 ， 但同时也是生态环境逐渐萎靡的开始 。在森林物种资源方面 ， 一些动物群落不断减少 ， 生物数量乃至物种不断消失 。明代川北出没寻常的华南虎消失就是很好的例证 。
清初关于虎患的记载有：“直至清初 ， 华南虎在四川分布广泛 ， 说明那时垦殖率还比较低 ， 森林相对茂密 。”“西乡县山深林密 ， 经常有老虎出没 ， 清溪、桑园铺等地均有虎食人 。”乾隆以来 ， 蜀道沿线各府线仍有虎患 ， 但较清初已经锐减 。因此随着移民的涌入 ， 物种消失的进程显著加快 。
旱灾频繁
【湖广填四川的影响，湖广填四川百度百科】研究发现 ， 大移民以来 ， 地质地貌灾害、旱涝灾害等在四川地区发生得更为频繁 。16世纪至17世纪是整个明清时期发生干旱灾害最为频繁的时期 ， 尤其是17世纪盆地东部地区 。陈世松等相关专家整合相关的史料时发现 ， 大移民时期是盆地的大旱年份 ， 平均每3年左右就要出现一次 。这与《四川历史旱灾表》统计的结论保持了一致：16世纪平均3.3年一次 ， 17世纪平均3年一次 ， 18世纪平均3.7年一次 ， 19世纪平均1.2年一次 。
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