正如达尔文所指出的：用于抓握的人手 ， 用于挖掘的鼹鼠前肢 ， 用于奔跑的马腿 ， 用于游泳的海豚鳍状肢和用于飞翔的蝙蝠的翼手 ， 它们的外形是如此的迥异 ， 功能是如此的不同 ， 但是剔除皮毛、肌肉之后 ， 呈现在我们眼前的骨架却又是如此相似！对此最合理的解释就是它们都是从同一祖先进化而来的 ， 因为适应环境具有了不同的功能和不同的外形 ， 但是骨子里却没能变多少 。
如果它们是被分别创造出来的 ， 根本没必要让有不同功能和不同外形的器官有着相似的构造 ， 因为这样的构造设计 ， 就其功能和外形而言 ， 有时显得不是那么合理 。如果让一个工程师来设计这些前肢 ， 他完全可以去除一些对其它物种必需 ， 对这个物种却是个累赘、退化得只剩一点痕迹的骨头 。
而且 ， 比较解剖学使我们认识到许多生物体都有一些退化了的器官 ， 它们是生物进化的令人信服的证据 。比如鲸 ， 它的后肢已经消失了 ， 但它的后肢骨并没有消失 ， 我们还可以在它的尾部找到已不起作用的盆骨和股骨 。甚至在一些蛇类中 ， 我们也可以找到盆骨和股骨的残余 。这使我们相信 ， 鲸是由陆地四足动物进化来的 ， 蛇是由蜥蜴进化来的 。
我们人类 ， 已完全退化了的器官也不少 ， 尾骨、转耳肌、阑尾、瞬膜（第三眼睑）等等都是完全退化、不起作用的器官 ， 它们除了让我们记住我们的祖先曾经像猴一样有尾巴 ， 像兔子一样转动耳朵 ， 像草食动物一样有发达的盲肠 ， 像青蛙一样眨眼睛 ， 还能有别的什么合理解释吗？
早在十八世纪 ， 动物学家就已经发现 ， 在动物胚胎发育的过程中 ， 会经过一系列与较低等的动物很相似的时期 。比如说人 ， 在胚胎发育的早期出现了鳃裂 ， 不仅外形像鱼 ， 而且内脏也像鱼：有动脉弓 ， 心脏只有两腔等等 。对这个现象的唯一合理的解释 ， 就是人是由鱼进化来的 ， 祖先的特征在胚胎发育过程中重演了 。事实上 ， 爬行类、鸟类和哺乳类在胚胎发育的早期都跟鱼类相似 ， 而且有些时期几乎不可能区别开来 ， 这是所有的脊椎动物都有共同祖先的一个证据 。
自从十六世纪以来 ， 随着西方航海业的发达 ， 特别是美洲和澳洲的发现 ， 博物学家们见识到无数新奇的物种 。许多的物种 ， 甚至整个属、科、目 ， 只在某个地理区域被发现 。当博物学家在澳洲和南美见到袋鼠、袋狼、袋熊、袋鼬、袋貂、袋獾等等闻所未闻的动物 ， 就不免奇怪为什么上帝只在这里创造出有袋类哺乳动物 。
这并非那里的环境是为有袋类而设的 ， 因为当移民们给这些地方带去高等哺乳动物后 ， 许多有袋类因为竞争不过高等哺乳类而数量锐减甚至灭绝了 。显然更合理的解释是 ， 由于这些地区与别的大陆隔绝 ， 而有了独特的进化途径 。即使是一个群岛 ， 也往往有在别的地方找不到的特有物种 。
做为神学院的毕业生的达尔文最初对神创论产生了怀疑 ， 就是因为在加拉帕格斯群岛见到了那些岛与岛之间都不同种的巨龟 ， 见到了在别的地方都找不到的多达十三种的“达尔文雀” ， 而不由得发生疑问：为什么上帝要在这个小小的角落炫耀他的创造才能 ， 专门为这里创造出如此多的“只此一家 ， 别无分店”的特有物种？合理的解释是 ， 这些物种的祖先都是从别的地方来的 ， 几万年几十万年后发生了变化 ， 从而产生了形形色色的特有物种 。
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