赵高见火候已到，对秦二世说：“李斯这样三番五次地跑来，一定没安好心，您要防备他 。我听他说过，在帮您当皇帝这件事上，他功劳很大，本来指望您能给他封个王侯的，可没得到，心情很不愉快，便和他的大儿子李由一同计划谋反，您千万要小心提防他！”
秦二世说：“谋反？这不大可能吧？”赵高连忙说：“怎么不可能？陈胜、吴广两个叛贼和李斯是邻县人，陈胜起兵，李斯大儿子李由就在那里当官，为什么不领兵出击？这肯定是串通好了的嘛！”秦二世觉得事情重大，决定先派人去调查一下李由的情况再说 。
李斯几次进宫没见着皇帝，已觉得情况不妙，又听说皇帝派人去调查李由的情况了，知道自己上了赵高的当，便上书秦二世，指责赵高是奸臣，秦二世更加恼火，驳回李斯的奏章 。
李斯见自己的奏章被驳回，心中着慌，便联络右丞相冯去疾、将军冯劫一道上书，请秦二世减缓刑法，罢修阿房宫（阿房宫是秦始皇开始修的，秦二世觉得不够庄严，又在原来基础上扩建，动用的人力、物力比原来还要多），罢免赵高，这样便可阻止天下局势发展得更加混乱 。秦二世看过奏章，更加愤怒，赵高又在旁边添油加醋，怂恿秦二世将三人一起罢官论罪 。
秦二世立即下诏，将三人逮进狱中 。
当御林军去逮捕冯去疾、冯劫二人时，他俩认为这是奇耻大辱，古代以来刑不上大夫，自己身居将相之位，怎能戴刑具、进监狱，便自杀了断 。李斯还指望将来能有真相大白的那一天，便进牢服刑 。
赵高买通审案官员，先在牢中审讯，强迫李斯承认他们父子共同谋反，李斯大呼冤枉，但只要李斯一喊冤，立即就有大棒劈头盖脸地往下打，李斯被打怕了，只好屈打成招，说是什么就承认什么 。
审案官把李斯的供词送给秦二世看，秦二世很高兴，说幸亏赵高看得准，会办事，便把李斯定成死罪 。又过了几天，派去调查李由的官员回来了，他先向赵高报告，说李由已经战死，死无对证 。赵高指示他造了个李由造反被杀的假情报报告给皇帝，秦二世听后更加愤怒，下令将李斯全家一道处死，李斯本人受五刑而死（五刑是：先刺字，再割鼻子，再截断左右脚趾，再砍头，最后剁成肉泥） 。
李斯死后，秦二世便任命赵高为丞相，赵高的权势更大了 。为了进一步验证自己的威信，一天，赵高牵了一头鹿上殿，对秦二世说，要献给他一匹宝马，秦二世一看，原来是一头鹿，便笑着说：“明明是一头鹿，怎么说是马呢？”赵高坚持说是马，秦二世问左右的人，要大家讲到底是鹿还是马 。有的人怕赵高，默不作声，有的人附和着说是马，也有几个人说是鹿，赵高记下了这几个说是鹿的人，几天后，把这些人一个个都杀掉了，从此后，朝廷中谁也不敢和赵高对着干了 。
【秦二世之死 秦二世怎么死的】公元前207年，刘邦大军攻下了武定，秦朝首都咸阳处于十分危险的境地 。赵高怕起义军打进咸阳后，自己也要遭罪，便杀了秦二世，立子婴为秦王（不敢称帝了），想将来以此为条件，与起义军和平谈判 。可子婴早就不满意赵高了，上台没几天，就杀掉了赵高 。不久，刘邦大军攻到咸阳，子婴开城投降 。
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