更为后世传颂的是他一生只有一个张皇后，从不纳宫女，也不封贵妃、美人，每天只与皇后同起同居，过着平常百姓一样的夫妻生活，俩人有两个儿子，只有一个长大成人，就是明武宗朱厚照 。
后世对明孝宗朱佑樘的评价都是极好，万历年首辅朱国桢说：“三代以下，称贤主者，汉文帝、宋仁宗与我明之孝宗皇帝 。”当年明月说：“朱祐樘是一个好皇帝，也是一个好人 。”
在多用史笔贬低明朝皇帝的《明史》中也很是称赞朱佑樘：“明有天下，传世十六，太祖、成祖而外，可称者仁宗、宣宗、孝宗而已 。……孝宗独能恭俭有制，勤政爱民，兢兢于保泰持盈之道，用使朝序清宁，民物康阜 。《易》曰：“无平不陂，无往不复，艰贞无咎 。”知此道者，其惟孝宗乎！”
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