熙宁二年(1069)二月，王安石为参知政事，开始进行变法 。九月，颁行“青苗法” 。三年二月，韩琦上疏反对青苗法，认为青苗法不论贫富，一律按户等配借青苗钱 。
上三等户及坊郭大户本是兼并之家，也可贷给青苗钱，这种做法根本不能“抑兼并、济困乏” 。神宗看了韩琦的奏疏，一度动摇了变法决心 。
熙宁六年二月，韩琦还判相州，第三次为官家乡，终于实现了“仕宦至将相，富贵归故乡”的愿望 。熙宁八年(1075)六月在相州溘然长逝，享年68岁 。
神宗御撰墓碑：“两朝顾命定策元勋” 。谥忠献，赠尚书令 。韩琦“相三朝，立二帝”，当政十年，与富弼齐名，号称贤相 。
