商标权与著作权发生冲突通常是申请的商标的著作权归属不明，在申请人将此作品作为商标申请时出现了著作权人主张该商标著作权属于自己，而商标申请人并未经授权或能举证出该商标著作权属于自己的权利证明，从而产生基于商标作品的著作权之争 。
因此，当有人提出商标申请侵犯自己的著作权利时，申请人就需提供该商标的著作权利的证明材料，如果申请人不能提供而权利主张者能提供有效证明材料商标申请就会产生麻烦；而到目前为止，最有效、最便捷的方式就是著作权登记证明，所以商标申请的同时做著作权登记的意义便在于此，即保证基于商标的著作权属于自己，商标申请便不会出现著作权利归属之争的问题 。
【为什么注册商标后还需版权登记？】
六、商标权与著作权冲突的解决
如果商标产生基于商标作品的著作权之争，根据《商标法》的有关规定，如果著作权利人对注册商标转让有异议的可以向商标评审委员会申请撤销该注册商标，也可以请求法院判令商标权人停止使用其注册商标 。
由于商标资源相对有限、自主创新意识不强加之经济利益驱动、立法疏漏等原因，商标权与著作权的冲突频繁发生 。因此，在出现著作权与商标权或者与其他权利冲突的时候，著作权的确权显得尤为重要；虽然著作权实行自动保护，但由于这种自动保护在确权时不能起到著作权的权利的有效证明作用，也即著作权自动保护存在确权的弊端 。所以为了避免著作权利的不明，在商标注册的同时先做版权的登记，正是保证商标权不出现问题的最好办法 。
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