近年来，农民在农业生产中不注重土地休耕的重要性，连年种植导致土壤质量急剧下降，引起病害等连作障碍 。随着生物菌肥的兴起，改变了人们的施肥观念，但在实际施用中，却没能使生物菌肥发挥最大效用 。现就生物菌肥的科学使用方法浅述如下：
【生物菌肥科学使用方法】一、施用温度：要合理施用菌肥的最佳温度是22℃－35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差 。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用 。
二、施用地块：要适宜对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫元素能杀死生物菌 。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些 。对于生物有机肥，采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施 。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行 。
三、施用时期：要注重生物菌肥不是速效肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前一周施用，效果好 。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，微生物菌剂的施用量不能过大 。
四、混合施用：要谨慎不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌 。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草 。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用 。还应防止与未腐熟的农家肥混合施用 。
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