进入夏秋季，芹菜较易发生病害 。芹菜的病虫害主要有早疫病、斑枯病、菌核病、软腐病、病毒病和黑斑病等 。主要害虫有蚜虫 。应采取综合防治，以预防为主，注意田园清理，合理轮作 。
芹菜早疫病、斑枯病、菌核病应在发病初期及早防治，药剂可用50%多菌灵可湿性粉剂500-600倍液喷雾或用75%百菌清600倍喷雾 。
黑腐病、软腐病可用1：:05:160-200的波尔多液喷雾防治或用50%琥胶肥酸铜（DT）可湿性粉剂500～700倍液喷雾防治，
蚜虫防治可每亩用10%吡虫啉20克加适量食用醋喷杀防治效果较好 。另外，芹菜在栽培过程中，易发生生理病害 。在缺钙的酸性土壤种植容易发生黑心病 。
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