一、灰霉病
该病主要在温室和塑料棚等保护地内发生，在辣椒苗期和成株期均普遍发生 。防治时加强通风，苗床、栽培棚室应在上午尽量保持较高温度，下午适当延长放风时间，加大放风量，夜间适当提高棚温 。严防浇水过量，正常浇水应在上午进行 。发病后及时清除病叶、病枝、病果 。
发病初期，可选用40%嘧霉胺悬浮剂1200倍液或68.75%噁唑菌酮·锰锌水分散粒剂1000~1500倍液、70%代森联水分散粒剂600~800倍液、64%氢铜·福美锌可湿性粉剂600~800倍液、77%氢氧化铜可湿性粉剂800~1000倍液、50%嘧菌环胺水分散粒剂800~1000倍液、33.5%喹啉铜悬浮剂800~1000倍液、40%嘧霉·百菌清可湿性粉剂800~1200倍液、50%腐霉·百菌清可湿性粉剂600~800倍液、40%嘧菌环胺水分散粒剂1200倍液、50%多霉清可湿性粉剂800倍液、25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液等喷雾防治，7~10天1次，共2~3次 。
大棚亩用10%腐霉利烟熏剂250~300克或5%百菌清烟熏剂1公斤、20%噻菌灵烟熏剂300~500克、45%百菌清烟剂200克 3%噻菌灵烟剂250克，按包装分放5~6处，傍晚闭棚，由棚室里面向外逐次点燃，次日早晨打开棚室，正常作业 。
二、煤污病
该病主要为害叶片、叶柄及果实，是棚室辣椒上的特有病害 。湿度大、粉虱多，易发病 。棚室栽培，要注意改善棚室小气候，提高透光性和保温性，调控好湿度 。露地栽培，选择通风、高燥的田块，采取深沟高畦栽培，注意雨后及时排水，防止湿气滞留 。及时防治蚜虫、粉虱及介壳虫 。
发病初期及时喷药，可选用40%多·硫悬浮剂800倍液或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液、78%波·锰锌可湿性粉剂600倍液、25%嘧菌酯悬浮剂1000倍液、68%精甲霜·锰锌水分散粒剂600倍液、40%多菌灵胶悬剂600倍液、50%混杀硫悬浮剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1000～1500倍液、40%敌菌丹可湿性粉剂500倍液、40%灭菌丹可湿性粉剂400倍液、50%乙霉灵可湿性粉剂1500倍液、65%甲霉威可湿性粉剂500～2000倍液、65%硫菌·霉威或50%多霉清可湿性粉剂800～900倍液等喷雾防治，每隔10天左右喷1次，连续防治2~3次 。棚室也可用百菌清烟剂熏治 。采收前7天停止用药 。
三、菌核病
该病以保护地栽培发生较重，10~12月或2~4月两次发病高峰期 。主要为害茎，也可为害叶、花、果实和果柄 。防治时与禾本科作物实行2~3年轮作 。深翻土地，覆盖地膜，防止菌核萌发出土 。对已出土的子囊盘要及时铲除，严防蔓延 。加强大棚通风，控制浇水，降低棚内湿度；气温较低或春季寒流侵袭前及时覆膜或盖草帘保温 。发现病株及时拔除或剪去病枝，带到棚外集中烧毁或深埋 。
采用生物酿热方法进行土壤消毒，具体作法：在7~8月高温季节和保护地空闲时间进行，每亩撒施碎稻草500公斤、石灰l00公斤，深翻地50厘米，起高垄30厘米，地膜覆盖，最后灌水，使沟里的水呈饱和状态，再密闭大棚15~20天 。
化学防治：在辣椒结果盛期，发病开始并逐渐加重时，可选用50%乙烯菌核利干悬浮剂1000倍液或40%菌核净可湿性粉剂1000~1500倍液、50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、40%嘧霉胺悬浮剂1200倍液、50%异菌脲可湿性粉剂600倍液、66.8%丙森·缬霉威可湿性粉剂600倍液、10%苯醚甲环唑水分散粒剂800倍液、45%噻菌灵悬浮剂800倍液、40%嘧菌环胺水分散粒剂1200倍液等喷雾防治 。10天1次，共2~3次，注意药剂交替使用 。
病害重时，选用配方药喷施，如50%乙烯菌核利悬浮剂600~800倍液 70%代森锰锌可湿性粉剂600~800倍液或50%异菌脲悬浮剂800~1000倍液 25%戊菌隆可湿性粉剂600~1000倍液、40%菌核净可湿性粉剂600~800倍液 50%克菌丹可湿性粉剂400~600倍液等 。重点喷根茎和周围地面，每亩喷兑好的药液60升，视病情间隔5~10天喷1次 。
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