香菇常见病虫害包括杂菌害、虫害、病害三类 。是香菇生产中的大敌，直接影响制种与栽培的成效 。因此，坚持“以预防为主，防治结合”方针，一旦发现病虫害，就要认真分析原因，及早采取防治措施，彻底消灭或抑制其蔓延 。确需化学药品防治时，要在未出菇或采完菇后进行，切忌不可直接喷洒于菇体上，以免残毒影响人体健康 。
链孢霉是土壤微生物，25—30℃时遇湿度萌发，蔓延迅速，是接种和发菌期主要有害菌，传播力极强 。俗称红色面包霉，是最常见的一种杂菌，初为白色、粉粒状后为绒毛状，由淡黄色转为桔红色 。
防治方法：严格控制污染源 。原材料要选择新鲜的木屑、麦麸等;塑料袋要挑除微孔袋;清除四周垃圾;配料时加入50%多菌灵，按0.1—0.2%掺入拌匀;培养基灭菌要彻底，接种用酒精拌多菌灵擦袋消毒;发菌场所要干燥清洁;脱袋出菇期防止喷水过量，注意通风 。
【香菇链孢霉防治】一旦发现如是菌种污染，立即淘汰;如是菌棒发生时疏袋散热撒石灰粉;同时用柴油涂抹患处，切忌乱扔乱放污染空间 。
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