1、分子伴侣对靶蛋白没有高度专一性，同一分子伴侣可以促进多种氨基酸序列完全不同的多肽链折叠成为空间结构、性质和功能都不相关的蛋白质 。
2、它的催化效率很低 。
3、它和肽链折叠的关系，是阻止错误折叠，而不是促进正确折叠 。
酶（enzyme）是由活细胞产生的、对其底物具有高度特异性和高度催化效能的蛋白质或RNA 。酶的催化作用有赖于酶分子的一级结构及空间结构的完整 。若酶分子变性或亚基解聚均可导致酶活性丧失 。酶属生物大分子，分子质量至少在1万以上，大的可达百万 。
【分子伴侣和酶的区别】酶是一类极为重要的生物催化剂（biocatalyst） 。由于酶的作用，生物体内的化学反应在极为温和的条件下也能高效和特异地进行 。
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