免疫后猪群依然会发病，是困扰广大养殖户的一大难题 。猪群免疫后仍有疫病发生的现象与免疫效果有直接关系，影响免疫效果的因素大致有以下几方面:
1.疫苗质量不过关 。疫苗抗原含量低，免疫后不能刺激机体产生足够抗体，导致免疫失败 。
2.疫苗血清型与当地流行血清型不一致 。某些病原会有多个血清型，如口蹄疫、沙门氏杆菌、大肠杆菌有多个血清型，如果未经检测帅选，选用与当地流行毒株血清型不一致的疫苗，会影响免疫效果，甚至导致免疫失败 。
3.疫苗保存、使用不当不规范 。冻干苗、活疫苗运输、储藏温度要求在-15℃以下，灭活苗要求在2-8℃运输、储藏，同时禁止反复冻融疫苗 。使用时，疫苗稀释液的选择、稀释倍数、接种剂量、接种技术会影响疫苗的免疫效果 。如超剂量免疫可能会引起免疫抑制、未按照疫苗说明使用专用的疫苗稀释剂、免疫器具未经消毒、未保证一畜一针头；未在疫苗稀释后当天用完（取出后当天用完，剩余的做无害化处理）、免疫途径不正确（如灭活疫苗只能注射不能口服）等多种原因影响群体免疫效果 。
4.母源抗体的干扰 。母源抗体可以有效保护新生仔畜在一定时间内健康生长，然而高水平的母源抗体也能与疫苗中的特定抗原发生中和反应，使得某些疫苗免疫后部分或者完全失效，造成免疫失败，如母猪产前免疫过猪瘟疫苗，则仔猪出生后，不可盲目对仔猪进行猪瘟疫苗免疫，应对仔猪体内的猪瘟抗体水平进行检测，根据抗体水平确定首免时间 。
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