所谓系统目录就是指操作系统的主要文件存放的目录 ， 目录中的文件直接影响到系统是否正常工作 ， 了解这些目录的功能 ， 相信对你更好的使用系统会有很大的帮助 。以下介绍的目录若不做特殊说明 ， 在Win 98/ME系统下 ， 它们在Windows目录中 ， 在Win 2000系统下 ， 他们在Win NT目录中 。
All Users文件夹：
Win 98/ME所有用户文件夹 ， 里面里面包括系统缺省登录时的桌面文件和开始菜单的内容 。
Win 2000在Win 2000的系统目录中没有这个文件夹 ， Win 2000将用户的信息放在根目录下的Documents and Settings文件夹中 ， 每个用户对应一个目录 ， 包括开始菜单、桌面、收藏夹、我的文档等等 。
Application Data文件夹：
Win 98/ME应用程序数据文件夹 。包括任务栏中的快捷方式 ， 输入法的一些文件等等 。根据你系统中使用不同的软件 ， 该目录中的内容也有所不同 。
Win 2000在Documents and Settings文件夹中 ， 每个用户都对应一个Application Data文件夹 ， 同样每个用户由于使用的软件不同 ， 目录内容也相同 。
Applog文件夹：
Win 98/ME应用程序逻辑文件目录 。逻辑文件是用来记录应用软件在运行时 ， 需要调用的文件、使用的地址等信息的文件 。要查看这些文件 ， 用记事本打开即可 。
Catroot文件夹：
Win 98计算机启动测试信息目录 ， 目录中包括的文件大多是关于计算机启动时检测的硬软件信息 。
Win ME该文件夹位于系统目录的system目录中 。
Win 2000该文件夹位于系统目录的system32目录中 。
Command文件夹：
Win 98/ME DOS命令目录 。包括很多DOS下的外部命令 ， 虽说都是些小工具 ， 但真的很好用 ， 特别是对于系统崩溃时 。
Win 2000这些DOS命令位于系统目录的system32目录中 。
Config文件夹：
Win 98/ME/2000配置文件夹 ， 目录中包括一些MIDI乐器的定义文件 。
Cookies文件夹：
Win 98/ME Cookies又叫小甜饼 ， 是你在浏览某些网站时 ， 留在你硬盘上的一些资料 ， 包括用户名、用户资料、网址等等 。
Win 2000每个用户都有一个Cookies文件夹 ， 位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中 。
Cursors文件夹：
Win 98/ME/2000鼠标动画文件夹 。目录中包括鼠标在不同状态下的动画文件 。
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